文件索引
源码范围：LMDZ.COMMON-6.3\LMDZ.COMMON。 Mars 运行参与度：接口兼容。该索引用于从 COMMON 源码范围反查 Mars 运行链路相关 wiki 页面。
状态说明
| 状态 | 含义 |
|---|---|
covered |
已有目录页、文件页或参考页。 |
grouped |
多个小文件由一个组页共同覆盖。 |
support |
由跨页支撑逻辑覆盖。 |
pending-scope |
范围较大，需要单独维护。 |
out-of-scope |
非 Mars 运行路径，仅保留边界说明。 |
目录和入口
| 源码范围 | 页面 | 状态 | 说明 |
|---|---|---|---|
| 项目根目录 | project-structure | covered | 顶层结构、构建脚本边界和 Mars 范围排除。 |
arch, makelmdz*, bld.cfg, build_gcm |
build-and-arch, build-provenance-version-control, arch-ioipsl-6.3-platforms | covered | 以 makelmdz_fcm 为主，覆盖 generated version_control.F90、SUFF_DIR、arch/IOIPSL 平台；makegcm 已删除。 |
ioipsl/install_*.bash, makelmdz_fcm -io, arch/arch-*.path IOIPSL 变量 |
ioipsl-build-mars-contract | grouped | IOIPSL 安装产物、ioipsl/mix/xios 构建分支和 Mars I/O 构建边界。 |
makelmdz_fcm, bld.cfg, FCM source groups |
makelmdz-fcm-mars-paths | grouped | -p mars gcm 下 COMMON 动力、Mars physics、dyn-phys 接口和并行目录的路径展开。 |
arch/*.env, arch/*.fcm, arch/*.path, Mars deftank/run* |
arch-env-mars-run | grouped | 编译环境、库路径、MPI/OMP 运行环境和 Mars chained restart 脚本约定。 |
makelmdz_fcm target/suffix, bld.cfg target, Mars executable names |
makelmdz-target-output-naming | grouped | gcm/newstart/start2archive/testphys1d 的 bin/ 输出命名、并行限制和 deftank 名称匹配。 |
libf/ |
libf-overview | covered | Mars 相关 COMMON 子目录总览。 |
libf/dyn3d_common |
dyn3d_common/index | covered | 共用动力内核分组导航。 |
libf/dyn3d |
dyn3d/index | covered | 串行动力入口和调度。 |
libf/dyn3dpar |
dyn3dpar/index | covered | 并行动力目录总览：入口、配置、主循环、decomposition、halo、bands、输送、I/O 和 Mars 并行边界。 |
libf/dynphy_lonlat |
dynphy_lonlat/index | covered | lon-lat 动力-物理接口。 |
libf/misc |
misc/index | covered | NetCDF95、getin、插值和通用工具。 |
libf/phy_common |
phy_common/index | covered | 物理侧并行、网格、输出和控制公共层。 |
libf/filtrez |
filtrez/index | covered | 动力滤波、FFT backend 和辅助工具。 |
核心文件页
| 源码或文件组 | 页面 | 状态 | 说明 |
|---|---|---|---|
dyn3d/gcm.F90 |
dyn3d/gcm | covered | 串行 GCM 入口、初始化链和 leapfrog 调度。 |
dyn3d/conf_gcm.F90 |
dyn3d/conf_gcm | covered | getin 配置、控制变量和 Mars 默认。 |
dyn3d/leapfrog.F |
dyn3d/leapfrog | covered | 串行 Matsuno/leapfrog 主循环和 Mars/非 Mars restart 时间分支。 |
dyn3d/guide_mod.F90 |
dyn3d/guide_mod | covered | 串行 guide/nudging 模块主文件页；guide_main 为 Earth/IOIPSL 条件路径，Mars/generic ok_guide 走 relaxetat0 边界。 |
dyn3d/bilan_dyn.F |
dyn3d/bilan_dyn | covered | 串行动力守恒和 history 诊断。 |
dyn3d/vlsplt.F |
dyn3d/vlsplt | covered | 串行 Van Leer split transport；覆盖 iadv=10、x-y-z-y-x split、父子 tracer 递归、三方向边界和可达性。 |
dyn3d/vlspltqs.F |
dyn3d/vlspltqs | covered | 串行饱和水汽 Van Leer split。 |
dyn3dpar/gcm.F |
dyn3dpar/gcm | covered | 并行 GCM 入口、MPI/OMP 初始化和主调度。 |
dyn3dpar/conf_gcm.F90 |
dyn3dpar/conf_gcm, conf-gcm-serial-parallel-delta | covered | 并行 GCM 配置读取、adjust/use_filtre_fft/use_mpi_alloc、并行 sponge、耗散、zoom 和输出/restart 控制状态。 |
dyn3dpar/leapfrog_p.F |
dyn3dpar/leapfrog_p, leapfrog-p-state-contract, leapfrog-p-time-scheduler, leapfrog-p-distribution-halo, leapfrog-p-physics-coupling, leapfrog-p-output-restart | covered | 并行 Matsuno/leapfrog 主循环、入口状态约定、时间步调度、band 切换、halo/swap request、physics 耦合、耗散、输出和 restart。 |
dyn3dpar/guide_p_mod.F90 |
dyn3dpar/guide_p_mod | covered | 并行 guide/nudging 模块主文件页；覆盖 guide_plevs、局部范围、halo、root 输出和 Mars 边界。 |
dyn3dpar/bilan_dyn_p.F |
dyn3dpar/bilan_dyn_p | covered | 并行动力守恒和 zonal diagnostics。 |
dyn3dpar/parallel_lmdz.F90 |
dyn3dpar/parallel_lmdz | covered | decomposition、MPI/OMP 状态和通信基础。 |
dyn3dpar/mod_hallo.F90 |
dyn3dpar/mod_hallo | covered | halo 请求、打包通信和本地复制。 |
dyn3dpar/bands.F90 |
dyn3dpar/bands | covered | band 分布和 adaptive rebalancing。 |
dyn3dpar/times.F90 |
dyn3dpar/times | covered | timing 状态和 MPI 汇总。 |
dyn3dpar/vlsplt_p.F |
dyn3dpar/vlsplt_p | covered | 并行 Van Leer split transport；覆盖 band、halo、OMP、父子 tracer 和 _p 串并行边界。 |
dyn3dpar/vlspltqs_p.F |
dyn3dpar/vlspltqs_p | covered | 并行饱和水汽 split 输送。 |
dyn3dpar/vlspltgen_p.F |
dyn3dpar/vlspltgen_p | covered | 并行 tracer split 调度。 |
dyn3d_common/defrun.F |
dyn3d_common/defrun | covered | 旧式 gcm.def 读取和范围风险。 |
dyn3d_common/dynetat0.F90 |
dyn3d_common/dynetat0 | covered | start NetCDF 读取和 tracer 缺失处理。 |
dyn3d_common/inigeom.F |
dyn3d_common/inigeom, inigeom-zoom-map-contract | covered | 几何、面积、Coriolis、周期处理，以及 zoom/map 到 Mars archive/header/physics 使用约定。 |
dyn3d_common/grilles_gcm_netcdf_sub.F90 |
dyn3d_common/grilles_gcm_netcdf_sub | covered | grilles_gcm.nc 网格和 NetCDF 错误处理。 |
dyn3d_common/advn.F |
dyn3d_common/advn | covered | Hourdin pseudo amont tracer 输送内核；覆盖 iadv=12/13、x-y-z-y-x split、界面重构、质量更新和可达性边界。 |
dyn3d_common/ppm3d.F |
dyn3d_common/ppm3d, common-tracer-advection-schemes | covered | PPM 三维 tracer 输送内核；覆盖串行调用链、水平/垂直 split、limiter、负值填充、wrapper 约定和可达性边界。 |
dyn3d_common/prather.F |
dyn3d_common/prather, common-tracer-advection-schemes | covered | Prather 10 moments 输送格式和当前白名单边界。 |
dyn3d_common/pentes_ini.F |
dyn3d_common/pentes_ini, common-vanleer-advection-operators, common-tracer-advection-schemes | covered | slope/limiter 初始化、advx/advy/advz moments 方向算子和 x-y-z-y-x 预输送。 |
dyn3d_common/inidissip.F90 |
dyn3d_common/inidissip | covered | 水平耗散初始化、特征值估算、垂直剖面和 dissip_period 计算。 |
dyn3d_common/infotrac.F90 |
dyn3d_common/infotrac | covered | tracer 元数据核心：traceur.def、nqtot/tname/iadv/niadv、父子 tracer、isotope 和 Mars 使用链路。 |
dynphy_lonlat/calfis.F |
dynphy_lonlat/calfis | covered | 串行动力调用物理接口。 |
dynphy_lonlat/calfis_p.F |
dynphy_lonlat/calfis_p | covered | 并行动力调用物理接口、物理列映射、OMP split 调用和 tendency 回写。 |
dynphy_lonlat/mod_interface_dyn_phys.F90 |
dynphy_lonlat/mod_interface_dyn_phys | covered | 动力-物理接口索引和并行映射。 |
dynphy_lonlat/inigeomphy_mod.F90 |
dynphy_lonlat/inigeomphy_mod | covered | 物理侧几何和垂直层初始化。 |
dynphy_lonlat/grid_atob_m.F90 |
dynphy_lonlat/grid_atob_m | covered | A/B 网格重采样和粗糙度辅助。 |
phy_common/mod_phys_lmdz_para.F90 |
phy_common/mod_phys_lmdz_para | covered | 物理侧并行抽象主模块。 |
phy_common/physics_distribution_mod.F90 |
phy_common/physics_distribution_mod | covered | 物理点分布初始化链。 |
phy_common/mod_grid_phy_lmdz.F90 |
phy_common/mod_grid_phy_lmdz | covered | 全局物理网格规模、klon_glo 和 Grid1Dto2D_glo/Grid2Dto1D_glo 映射。 |
phy_common/geometry_mod.F90 |
phy_common/geometry_mod | covered | 物理列局部经纬度、边界、面积、输出面积和全局 cell index 状态。 |
phy_common/regular_lonlat_mod.F90, phy_common/vertical_layers_mod.F90 |
phy_common/grid-coordinate-state | covered | regular lon-lat 坐标轴和物理侧 threadprivate 垂直层状态。 |
phy_common/ioipsl_getin_p_mod.F90 |
phy_common/ioipsl_getin_p_mod | covered | is_master getin wrapper 和 broadcast。 |
phy_common/xios_writefield.F90 |
phy_common/xios_writefield, phy_common/write-field-xios | covered | CPP_XIOS 下的临时 field dump helper；按字段名懒创建 context/file/field，区分 regular、unstructured native 和 unstructured 插值输出。 |
phy_common/abort_physic.F90 |
phy_common/abort_physic | covered | 物理侧统一错误终止入口，覆盖 IOIPSL close/getin dump、ierr 分支和 MPI abort。 |
phy_common/mod_phys_lmdz_omp_transfert.F90 |
phy_common/mod_phys_lmdz_omp_transfert, phys-transfer-omp-core | covered | OMP 线程内 transfer：共享 buffer、barrier/master/single/critical、scatter/gather 列约定和 5D/6D broadcast。 |
phy_common/mod_phys_lmdz_mpi_transfert.F90 |
phy_common/mod_phys_lmdz_mpi_transfert, phys-transfer-mpi-core, phy_common/parallel-transfer-6d, mpi-data-transfer | covered | MPI transfer 主文件页已完成，覆盖 94 个 specific procedures、18 个 _gen 引擎、MPI_BCAST/SCATTERV/GATHERV/REDUCE 和局部 1D/2D 转换。 |
phy_common/mod_phys_lmdz_transfert_para.F90 |
phy_common/mod_phys_lmdz_transfert_para, phys-transfer-para-wrapper, phy_common/parallel-transfer-6d | covered | MPI/OMP 组合 transfer wrapper 主文件页已完成，覆盖 80 个 specific procedures、执行顺序和临时数组约定。 |
phy_common/geometry_mod.F90, dynphy_lonlat/inigeomphy_mod.F90 |
phy_common/geometry_mod, geometry-output-cell-area | covered | geometry_mod 局部几何状态及 cell_area_for_lonlat_outputs 输出面积初始化。 |
misc/program_options.F90 |
misc/program-options | covered | Command-line option parser。 |
misc/job.F90 |
misc/job | covered | SLURM/PBS walltime helper。 |
misc/ioipsl_getincom.F90 |
misc/ioipsl_getincom, ioipsl-getin-system, getin-fallback-file-precedence, getin-typed-parser | covered | fallback getin：run.def/INCLUDEDEF、key 表、typed memory、12 个 typed specific procedures、默认值语义和 getin_dump。 |
misc/readTracFiles_mod.f90 |
misc/readTracFiles_mod | covered | Tracer/isotope parser。 |
misc/strings_mod.f90 |
misc/strings_mod | covered | 字符串解析和类型转换工具。 |
misc/wxios.F90 |
misc/wxios, phy_common/write-field-xios | covered | CPP_XIOS 下的 context、calendar、regular/unstructured domain、axis、file 和 field helper；Mars xios_output_mod 条件经过。 |
组页和细节页
| 源码或逻辑范围 | 页面 | 状态 | 说明 |
|---|---|---|---|
caldyn.F, caldyn_p.F |
caldyn-serial-parallel, caldyn-dynamic-tendencies | grouped | tendency 计算串并行对照和 5 段管线深度拆解。 |
dyn3d/dyn3dpar 串并行动力主题页 |
serial-parallel-dynamics | covered | 串行全局数组与并行 decomposition、halo、bands、rank/domain I/O 和 physics transfer 对照。 |
dyn3d/caladvtrac.F, dyn3d/advtrac.F90, dyn3dpar/advtrac_p.F90 |
dyn3d/advtrac, transport-advection, caladvtrac-tracer-loop, advtrac-serial-parallel | covered | 串行 advtrac.F90 文件页、tracer advection 主题页、iapp_tracvl 累计门控、nqperes/iadv 循环和串并行调度对照。 |
ppm3d.F 细节页, interpre.F, interpost.F, adaptdt.F |
ppm3d, common-tracer-advection-schemes, ppm3d-entry-contract, ppm3d-horizontal-transport, ppm3d-vertical-transport, ppm3d-limiters-filters | covered | PPM 主页面已覆盖；细节页面保留入口约定、格式转换接口、自适应子步长、水平/垂直输送和 limiter 细节。 |
integrd.F, integrd_p.F |
integrd-serial-parallel | grouped | 状态积分写回对照。 |
iniconst.F90, conf_planete.F90, comconst_mod.F90 |
iniconst-planetary-constants, mars-utility-constants-vertical | grouped | Mars/Generic 行星常数、restart controle 常数、dtvr/dtphys/r 派生、Mars utility 常量使用和垂直离散入口。 |
disvert.F90, disvert_noterre.F, comvert_mod.F90, vertical_layers_mod.F90 |
vertical-discretization, vertical-coordinate-mars-contract, mars-utility-constants-vertical | grouped | 垂直离散、Mars/Generic z2sig/ esasig 路径、动力-物理垂直层状态桥接和 Mars utility 对垂直状态的读写使用。 |
mod_const_mpi.F90 串/并行变体 |
mod-const-mpi | grouped | 串行占位、MPI 初始化和 XIOS/coupled communicator。 |
dissip/friction/addfi/qminimum/fluxstokenc/top_bound/init* 串并行组 |
Routines, common-dissip-mars-chain | grouped | 详见根入口 Routines 表；耗散链路另有 Mars 数据流专页。 |
grad*, diverg*, rotat*, nxgrad*, laplacien*, gradiv*, nxgrarot*, nxgraro*, divgrad* 串并行组 |
common-dissipation-stencil-families, differential-operators-overview | grouped | 水平微分/耗散 stencil 叶子算子、Laplacian 复合和耗散复合族。 |
advx/advy/advz, advxp/advyp/advzp |
common-vanleer-advection-operators, advxyz-serial, advxyz-parallel-common | grouped | moments x/y/z advection 内核组；advx/advy/advz 由 pentes_ini 调用，和 advn.F 内部 advnx/advny/advnz 不同。 |
gr_dyn_fi*, gr_fi_dyn* |
dyn-phys-grid-transforms | grouped | 动力/物理格点互转。 |
dyn3d/interp_horiz.F, dyn3d/iniinterp_horiz.F |
dyn3d/interp_horiz | covered | LMDZ scalar 网格面积交叠水平插值，支撑 Mars datareadnc/lect_start_archive/newstart surface、archive、MONS 数据重网格。 |
infotrac.F90 细节页 |
infotrac-state-contract, traceur-def, advection-schemes, family-isotopes, mars-consumers | covered | 主文件页已覆盖，细节页面保留专项说明。 |
control_mod.F90, logic_mod.F90, temps_mod.F90, comconst_mod.F90, com_io_dyn_mod.F90, conf_dat_m.F90 |
common-state-control-contract, dynamic-output-state-holders | grouped | Mars 主流程共享的时间、逻辑、常量、输出 id 和数据方向约定；动力 history/dynav 的时间状态和 file id 生命周期另有深度页。 |
conf_gcm.F90, gcm.F90, gcm.F, leapfrog.F, leapfrog_p.F, control_mod.F90, logic_mod.F90 |
dynamics-control-logic-gates | grouped | run.def/getin 控制项、入口整除约束、dtvr 刷新和 forward/leapf/apphys/apdiss 时间步门控链。 |
guide_mod/guide_p_mod 细节页 |
guide-config-contract, guide-input-fields, guide-interpolation-pressure, guide-tendency-application, guide-serial-parallel-delta | covered | 覆盖串并行 guide 配置、输入读取、压力层插值、湿度转换、nudging 系数、状态叠加和串并行差异。 |
dyn3d/conf_gcm.F90, dyn3dpar/conf_gcm.F90, dyn3d/gcm.F90, dyn3dpar/gcm.F |
dyn3dpar/conf_gcm, conf-gcm-serial-parallel-delta | covered | 并行 conf_gcm 主文件页和串并行配置读取差异，覆盖 shared getin keys、FFT filter、use_mpi_alloc、adjust/offline、MPI/OMP/bands/history 边界。 |
dyn3d/gcm.F90 Mars 3D 启动链 |
common-gcm-mars-run-entry | support | makelmdz_fcm -p mars gcm 入口下从 run.def/conf_gcm 到初始化、Mars physics 接口和 leapfrog 的复现顺序。 |
Mars newstart/start2archive/lect_start_archive/ini_archive/write_archive/readhead_NC/datareadnc/testphys1d 使用 COMMON 状态和 helper |
mars-utility-common-state-consumers, mars-utility-constants-vertical, inigeom-zoom-map-contract, mars-utility-netcdf-helper-use | support | Mars utility 对 COMMON 控制、常量、垂直坐标、网格、插值、getin 和 NetCDF helper 边界的使用位置；zoom/map 约定页细化 inigeom 几何到 archive/header/surface 插值的链路。 |
Mars phymars/dyn1d 直接转发文件 |
mars-dyn1d-common-forwarding | support | 14 个一行转发文件把 COMMON 动力状态、垂直坐标、tracer、并行占位和 dyn-phys 接口暴露给 1D physics driver。 |
leapfrog.F / leapfrog_p.F 局部逻辑 |
dyn3d/leapfrog, leapfrog-state-contract, time-scheduler, leapfrog-p-time-scheduler, leapfrog-p-distribution-halo, leapfrog-p-physics-coupling, leapfrog-p-output-restart, dynamics-transport, physics-coupling, dissipation-conservation, output-restart | covered | 串行主文件页和 restart 时间分支已覆盖；并行 leapfrog_p 的时间、分布/halo、physics coupling 和输出/restart 已有细节页面；对应 COMMON 旧文件已删除，已退役。 |
gcm/conf_gcm/leapfrog 时间推进主题页 |
dynamics-time-integration | covered | 从运行配置到 Matsuno/leapfrog 调度、动力、物理、耗散、输出和 restart 门控的主题读法。 |
dynredem*, history/restart 输出组 |
dynredem-restart, leapfrog-p-output-restart, initfluxsto, inithist, history-output, history-field-registration, dynamic-output-state-holders | grouped | restart/history 串并行 I/O 对照，并覆盖 COMMON history/dynav 字段注册、门控、时间状态和 file id 生命周期。 |
dynetat0.F90, dynredem.F90, sortvarc.F, sortvarc0.F |
restart-variable-sorting | grouped | restart 变量名匹配、tracer 缺失置零、sortvarc 控制量基准重置和 sortvarc0 无活动调用边界。 |
Mars start/restart/archive 文件职责边界 |
mars-start-restart-archive-boundary | support | COMMON 动力 restart、Mars physics startfi/restartfi、start_archive 和 1D 文本 restart 的读写边界。 |
conf_gcm, getin/getin_p, history/dynav, XIOS/write_field, Mars diagfi/stats |
history-xios-getin-boundary, history-field-registration, xios-domain-field-setup, wxios, xios_writefield | grouped | 配置读取、动力 history 字段注册和门控、Mars physics 输出、XIOS domain/axis/field 建立和 helper 职责边界；xios_writefield 是临时 field dump helper，不是 Mars 标准诊断主线。 |
| restart/history/I/O 主题页 | restart-io | covered | 串联 runtime restart、Mars archive 工具链、history/dynav、physics diagnostics、XIOS/getin 和 NetCDF helper。 |
misc 工具组 |
program-options, job, readTracFiles_mod, strings_mod, netcdf95-wrappers, ioipsl-getin-system, ioipsl-local-support, write-field-debug, wxios, regridding-interpolation, pchip-spline, numerical-helpers, atmospheric-coordinate-helpers, guide-interpolation-pressure, mars-utility-netcdf-helper-use, utility-foundation | grouped | Runtime option、job、tracer parser、string、NetCDF、getin、本地 IOIPSL 字符串/错误支撑、debug 写场、XIOS helper、插值、样条、数值和基础工具；Mars utility NetCDF 页记录 COMMON helper 与 Mars 侧 NF_* 直接 API 的边界。 |
misc/write_field.F90, phy_common/write_field_phy.F90, dyn3dpar/write_field_p.F90 |
write-field-debug, write-field-xios | grouped | 旧式 NetCDF/text debug dump、物理列 gather 到全局 lon-lat 后写场、并行动力 root dump wrapper；不是正式 Mars 诊断主线。 |
phy_common 物理侧组 |
mpi-data-transfer, omp-data-transfer, mod_phys_lmdz_omp_transfert, parallel-transfer-6d, parallel-physics-grid-distribution, ioipsl_getin_p_mod, mod_grid_phy_lmdz, geometry-grid-layers, geometry_mod, grid-coordinate-state, write-field-xios, xios_writefield, print-control-abort, abort_physic | grouped | 物理侧 transfer、getin、全局/局部物理列分布、几何、输出和控制/错误终止层。 |
filtrez/filtreg_mod.F90 |
filtreg_mod, filtreg-system | covered | inifilr 构造滤波纬带、系数、矩阵和可选 FFT 初始化状态。 |
filtrez/filtreg.F, inifgn.F, jacobi.F90, eigen_sort.F, acc.F |
filtreg-operators, filter-helpers | covered | 串行矩阵滤波施加、特征基构造、Jacobi 求解、归一化和特征排序。 |
filtrez 组 |
filtreg-system, fft-backends, filter-helpers | grouped | 滤波主流程、FFT backend 和 helper。 |
参考页
| 页面 | 说明 |
|---|---|
| mars-common-map | MARS -> COMMON 文件/功能映射。 |
| common-mars-usage-map | COMMON -> MARS 使用位置映射。 |
| symbol-index | 符号、配置键、I/O 文件和待深挖范围反查。 |
| source-coverage-matrix | 覆盖状态和覆盖矩阵。 |
| pending-confirmation-triage | 当前剩余待确认项分类，区分运行验证、Mars 配置、外部库、设计意图和物理/数值解释。 |
| version-6.3-baseline | 源码基线和维护优先级。 |
| practical-wiki-acceptance | 当前 wiki 按功能面验收，不以页面数量单独判断。 |