LMDZ.MARS Wiki
重要提示 / Important Notice 该 wiki 由 AI 生成，未经人工严格审查；请以官方说明和代码实际表现为准。 This wiki was generated by AI and has not undergone strict human review; refer to official documentation and the actual behavior of the code as authoritative.
问题反馈 / Feedback 如发现内容错误、链接失效或需要补充说明，请在 GitHub 仓库提交 issue：vortexer99/lmdz-mars-ai-wiki。 If you find errors, broken links, or missing explanations, please open an issue in the GitHub repository: vortexer99/lmdz-mars-ai-wiki.
本 wiki 的目标是帮助读者理解并尽可能完整复现 LMDZ.MARS 代码逻辑。 所有内容基于源码、文档和配置文件编写；仍需运行验证或维护者判断的内容已显式标注为"源码疑点"/"推断"/"复现风险"。
源码范围：LMDZ.MARS
官方来源与源码版本
- 官方 Mars PCM 概览：Overview of the Mars PCM
- 官方 Subversion 获取方式：
svn checkout https://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk --depth empty
cd trunk
svn update LMDZ.COMMON LMDZ.MARS本 wiki 使用的本地 LMDZ.MARS 源码快照不包含 .git 或 .svn 元数据；经官方 SVN 历史 URL 比对，本地 changelog.txt 和 deftank/xios/file_def_physics.xml 均匹配 r4249/r4258，且不匹配 r4259。官方日志显示 r4249 到 r4258 之间 LMDZ.MARS 子树无其他变更，因此本 wiki 对应的源码内容可标记为 r4258-equivalent（r4249-r4258 区间内相同内容），未包含 r4259 的 2026-06-11 XIOS/PEM 输出变量命名变更。
许可 / License
本 wiki 的生成性说明文字、导航结构和 HTML 文档内容，除非页面另有说明，由文档作者按 CC BY 4.0 发布。 Unless otherwise noted, the generated wiki prose, navigation structure, and HTML documentation content are released by the documentation author under CC BY 4.0.
本许可不重新授权上游 LMDZ.MARS、LMDZ.COMMON、IOIPSL、FCM 源代码、上游文档、数据集、项目名称、商标或第三方材料；这些内容仍受其原始许可和权利声明约束。上游 LMDZ.MARS 和 LMDZ.COMMON 源码许可为 CeCILL v2，发布仓库中保留了英文和法文许可副本；IOIPSL 和 FCM 许可/版权声明也随发布仓库保存在 UPSTREAM-LICENSES/。 This license does not relicense upstream LMDZ.MARS, LMDZ.COMMON, IOIPSL, FCM source code, upstream documentation, datasets, project names, trademarks, or third-party materials. Those materials remain governed by their original licenses and rights notices. The upstream LMDZ.MARS and LMDZ.COMMON source license is CeCILL v2, and the publication repository includes English and French copies of that license; IOIPSL and FCM license/copyright notices are also preserved under UPSTREAM-LICENSES/.
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当前覆盖状态
- source-coverage-matrix 的当前管理范围为 233 个 Fortran 源文件，覆盖摘要为
has_page=233、mentioned_only=0、uncovered=0。 - 本入口页只列核心阅读路线和代表性入口；完整文件级导航以 file-index、symbol-index 和 source-coverage-matrix 为准。
COMMON 共享层入口
MARS wiki 仍是主入口。需要追到公共动力、并行、I/O、网格或动力-物理接口细节时，可从这里跳到同一工作区内的 COMMON wiki：
| 入口 | 适用场景 |
|---|---|
| COMMON wiki 首页 | 浏览联合发布站点中的 COMMON 架构、主题和索引。 |
| MARS-COMMON 映射表 | 从 MARS 文件或功能反查 COMMON 提供者。 |
| COMMON→MARS 使用位置映射 | 从 COMMON 模块反查 MARS 使用位置。 |
阅读路径推荐
| 我想了解… | 推荐顺序 |
|---|---|
| 项目总体结构和各目录职责 | project-structure → 各目录总览页 |
| 比较 5.3 与 6.3 | 版本差异专题 → 全量变更矩阵 → 逻辑主题详情页 |
| GCM 怎么配、怎么跑 | config-system → z2sig → xios → water-cycle-config → co2-cycle-config → run-scripts → testphys1d |
| 主题流程总览 | themes/index → 选择对应主题页 |
| 辐射传输流程 | radiation 主题 → 长/短波辐射模块 |
| 尘埃循环全流程 | dust-cycle 主题 → 抬升/输运/沉降/凝并模块 |
| 水循环全流程 | water-cycle 主题 → watercloud/vdifc/soilwater/热惯量反馈 |
| CO2 循环全流程 | co2-cycle 主题 → co2cloud/co2condens/成核/沉降/地表 CO2 冰 |
| 后处理与观测比较工具链 | util-toolchain 主题 → util 目录 → 具体工具页 |
| 某个具体文件/例程 | file-index 或 routines/index → 反查专页 |
| 某类配置 | config-system → 对应配置专页 |
| 1D 列模式物理测试 | testphys1d-config |
| 热层化学动力学 | reaction-rates |
| 待确认和源码疑点怎么处理 | pending-confirmation-triage |
Architecture（项目结构与配置）
| 页面 | 说明 |
|---|---|
| project-structure.md | 项目顶层结构、目录职责和运行场景概览。 |
| config-system.md | deftank/ 中 .def 配置文件的通用格式与语义。 |
| z2sig-config.md | 垂直坐标定义（MCD5/MCD6/hr 三个变体，sigma → 海拔映射）。 |
| xios-config.md | XIOS 输出配置体系（iodef / context / field_def / file_def 4 个 XML）。 |
| water-cycle-config.md | 水循环配置（callphys 开关、traceur 水 tracer、XIOS 水字段）。 |
| co2-cycle-config.md | CO2 循环配置（callcond/co2clouds/scavco2cond 开关、CO2 tracer、XIOS CO2 字段）。 |
| common-dependencies.md | Mars 侧直接依赖的 LMDZ.COMMON 几何、时间和水平插值边界；含 COMMON wiki 入口。 |
| testphys1d-config.md | 1D 列模式 (testphys1d) 专用配置（温度廓线 ichoice、水汽/冰强制/松弛等）。 |
| run-scripts.md | GCM 运行脚本链（run0 / run_mcd / 各 HPC 子目录的 run_monthN）。 |
Modules（目录与文件模组）
顶层目录总览
| 页面 | 说明 |
|---|---|
| libf-overview.md | libf/ 核心 Fortran 物理过程源码目录。 |
| util/index.md | 后处理、诊断、插值、初始场转换工具目录。 |
子目录总览
| 页面 | 说明 |
|---|---|
| phymars/index.md | 核心火星物理过程（辐射、尘埃、水循环、CO₂、边界层…）。 |
| aeronomars/index.md | 高层大气、光化学、热层与电离层。 |
| dynphy_lonlat/index.md | lon-lat 动力-物理耦合与初始化。 |
文件级专页（按主题分组）
尘埃循环
| 页面 | 说明 |
|---|---|
| rocketduststorm_mod.md | 火箭式尘暴垂直输运方案。 |
| topmons_mod.md | 山顶地形尘流输运方案。 |
| callsedim_mod.md | 气溶胶/冰晶重力沉降调度。 |
| newsedim_mod.md | 单示踪物重力沉降核心（Stokes + Cunningham）。 |
| dust_coagulation_mod.md | 尘埃凝并微物理方案。 |
| updaterad.md | 尘埃/水冰/CO₂ 冰有效半径反演模块。 |
通用数值格式
| 页面 | 说明 |
|---|---|
| vlz_fi.md | Van Leer 垂直输运数值格式，被 newsedim 和 HDO 沉降使用。 |
Routines（例程级专页）
| 页面 | 说明 |
|---|---|
| index.md | 例程级专题页总览。 |
| dust_coagulation_main.md | 尘埃凝并主例程（Smoluchowski 半隐式离散）。 |
Themes（主题流程）
| 页面 | 说明 |
|---|---|
| index.md | 主题流程页总览。 |
| radiation.md | 辐射传输主题（长波/短波/气溶胶光学）。 |
| dust-cycle.md | 尘埃循环主题（抬升/输运/沉降/凝并/火箭式尘暴/山顶地形）。 |
| water-cycle.md | 水循环主题（大气水云、地表水汽交换、地下水/冰、热惯量反馈、配置和诊断）。 |
| co2-cycle.md | CO2 循环主题（CO2 云微物理、CO2 凝结/升华、地表 CO2 冰、scavenging、配置和诊断）。 |
| util-toolchain.md | util 离线工具链（拼接、垂直坐标、本地时/Ls/SZA、观测比较、柱量和初始场转换）。 |
Reference（参考索引与数据）
| 页面 | 说明 |
|---|---|
| file-index.md | 源码文件 → wiki 页面反查索引。 |
| symbol-index.md | Fortran 符号、配置开关、tracer 和诊断字段反查索引。 |
| source-coverage-matrix.md | 源码覆盖管理矩阵；记录 233 个矩阵范围内 Fortran 文件的直接页面覆盖状态。 |
| version-delta-index.md | COMMON/MARS 5.3→6.3 全量变更矩阵；覆盖 419 个变化路径并链接到分主题详情页。 |
| version-delta-provenance.md | 版本矩阵的哈希比较口径、官方 Changelog 来源、截止边界与证据等级。 |
| reaction-rates.md | 热层化学反应速率常数参考（61 个 Arrhenius 参数）。 |
| dust-free-evolution-tests.md | 尘埃自由演化配置试验：关闭 scaling、比较 injection/dust devil/old lifting，并记录当前 def-only 候选。 |
| pending-confirmation-triage.md | 待确认和源码疑点分级，区分已处理的占位缺口与仍需运行/外部证据的条目。 |