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索引表
| 名称 | 类型 | 路径 | 说明 | 相关页面 |
|---|---|---|---|---|
| time_phylmdz_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\time_phylmdz_mod.F90 |
物理时间共享状态模块；保存 daysec/dtphys/steps_per_sol、运行起止日、诊断输出频率和 restart/物理调用调度标量。 |
time_phylmdz_mod.md, phys_state_var_init_mod.md, tabfi.md |
| write_output_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\write_output_mod.F90 |
通用输出封装模块；write_output 泛型接口按 real/integer/logical 与 0D/1D/2D 分派，写传统 diagfi.nc、土壤诊断或可选 XIOS 字段。 |
write_output_mod.md, xios-config.md, writediagsoil.md |
| writediagfi.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\writediagfi.F |
传统 diagfi.nc 诊断写入后端；首次有效变量调用时创建文件并调用 iniwrite，后续按 steps_per_sol/outputs_per_sol 采样追加 0D/1D/2D/3D 变量。 |
writediagfi.md, write_output_mod.md, iniwrite.md, def_var.md |
| writediagmicrofi.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\writediagmicrofi.F |
传统微物理子步诊断写入后端；创建 diagmicrofi.nc，在 Time 外定义有限 microtime 维度，并按 microstep 追加 0D/1D/2D/3D 变量。 |
writediagmicrofi.md, writediagfi.md, iniwrite.md, def_var.md |
| wstats_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\wstats_mod.F90 |
统计日 stats.nc 生成模块；wstats 按 12 个日内时刻槽位累加字段和平方和，mkstats 在结束时原地改写为均值和标准差。 |
wstats_mod.md, config-system.md, physiq-water-cycle-callpoints.md, physiq-co2-cycle-callpoints.md |
| xios_output_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\xios_output_mod.F90 |
XIOS 输出封装模块；在 CPP_XIOS 下初始化 XIOS 轴、domain、calendar，更新时间步，并发送 0D/1D/2D/3D 字段。 |
xios_output_mod.md, xios-config.md, write_output_mod.md, dimphy.md |
| yamada4.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\yamada4.F |
Mars 版 Mellor-Yamada 湍流闭合模块；yamada4 按 iflag_pbl 更新 q2/km/kn/kq，并在 iflag_pbl==9 时调用 vdif_q2 做 TKE 垂直扩散。 |
yamada4.md, vdifc_mod.md, turb_mod.md, vdif_kc.md |
| turb_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\turb_mod.F90 |
湍流/PBL 共享状态模块；分配并释放 q2、l0、ustar/wstar/tstar、热羽流诊断和感热通量缓存，供垂直扩散、热羽流、restart 和 1D 路径读写。 |
turb_mod.md, phys_state_var_init_mod.md, calltherm_interface_mod.md, pbl_parameters_mod.md |
| convadj.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\convadj.F |
干对流调整模块；检测不稳定层段，混合焓、水平风和 tracer，并把结果返回为 pdhadj/pduadj/pdvadj/pdqadj tendency。 |
convadj.md, tracer_mod.md, physiq-water-cycle-callpoints.md |
| LMDZ.MARS 项目根 | 目录 | LMDZ.MARS |
项目顶层结构、主要目录职责和运行场景概览。 | project-structure.md |
| libf | 目录 | LMDZ.MARS\libf |
核心 Fortran 物理过程源码目录。 | libf-overview.md |
| phymars | 目录 | LMDZ.MARS\libf\phymars |
核心火星物理过程目录，覆盖辐射、尘埃、水循环、CO2、边界层等。 | phymars/index.md |
| aeronomars | 目录 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars |
高层大气、光化学、热层和电离层相关目录。 | aeronomars/index.md |
| conduction.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\conduction.F |
热层分子热传导模块；conduction_mod 用隐式三对角（Thomas）按 conc_mod::Akknew/cpnew/rnew 与温度依赖热导率 k=Akk*T**skk 求解垂直热传导倾向 zdtconduc，由 thermosphere_mod 在 callconduct 下调用。 |
conduction.md, conc_mod.md, aeronomars/index.md |
| calchim_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\calchim_mod.F90 |
光化学调度模块；calchim firstcall 识别化学 tracer、初始化在线/离线光解和可选热层速率，逐列把质量混合比转为体积混合比，调用 photochemistry、perosat、可选 chemthermos/deposition，再回写 dqchim；ini/end_calchim_mod 分配释放化学倾向缓存。 |
calchim_mod.md, photochemistry_mod.md, perosat.md, chemistrydata.md, chemthermos_readini.md, deposition.md, iono_h.md, aeronomars/index.md |
| chemistrydata.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\chemistrydata.F90 |
光解查找表数据模块；chemistrydata_mod 声明查找表维度参数与 jphot/colairtab/table_ozo 表，read_phototable 从 datadir/jmars.20140930 读取（phototable 键可覆盖）并广播；由 calchim_mod 离线光解路径调用，photolysis 消费。 |
chemistrydata.md, datafile_mod.md, aeronomars/index.md |
| chemthermos.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\chemthermos.F90 |
热层化学主例程；.not.unichim 时由 calchim_mod 调用，按 chemthermod 校验 C/O/H/O3/N/ion tracer，构造 rm(nlayer,nesptherm) 数密度矩阵，调 jthermcalc_e107 和 paramfoto_compact，再把 lswitch:nlayer 写回 zycol 并导出 em_no/em_o2。 |
chemthermos.md, calchim_mod.md, chemthermos_readini.md, reaction-rates.md, aeronomars/index.md |
| chemthermos_readini.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\chemthermos_readini.F |
热层反应速率读取模块；chemthermos_readini 从运行目录 chemthermos_reactionrates.def 读 61 反应 Arrhenius 参数到 param_v4_h::rcoef(61,3)，缺失 abort_physic；由 calchim_mod firstcall（.not.unichim）调用，paramfoto_compact 消费。 |
chemthermos_readini.md, reaction-rates.md, aeronomars/index.md |
| deposition.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\deposition.F |
化学物种干沉降模块；deposition 按阻力相似法算 ra/rb/vd/loss，第 128-129 行 6 小时测试赋值是注释行；当前甲烷更新与冰守卫被注释，实际不修改成分；由 calchim_mod 在 if (depos) 下调用。 |
deposition.md, conc_mod.md, aeronomars/index.md |
| euvheat.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\euvheat.F90 |
热层 EUV 加热模块；euvheat 在 calleuv 路径中校验热层 tracer、把外推的温度/示踪物转为数密度矩阵，调 hrtherm 计算 jtot 并用 euveff/cpnew/rnew 换算为 pdteuv。 |
euvheat.md, hrtherm.md, callkeys_mod.md, aeronomars/index.md |
| hrtherm.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\hrtherm.F |
热层 EUV 加热率模块；hrtherm 按日/夜分支、euvmod 阶梯打包数密度，调 jthermcalc_e107 算光吸收系数，加权求和得 jtot(erg/s)；由 euvheat 调用。 |
hrtherm.md, aeronomars/index.md |
| inichim_newstart.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\inichim_newstart.F90 |
化学初始场构造模块；inichim_newstart 为 newstart/1D testphys1d 路径重建 tracer 索引和 mmol，从 `datadir/atmosfera_LMD_may |
min |
| intrplf.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\intrplf.F |
一维线性插值模块；intrplf 端点常数外推、支持 xd 升/降序、自包含无 use 依赖；由 inichim_newstart 插值初始成分廓线。 |
intrplf.md, aeronomars/index.md |
| iono_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\iono_h.F90 |
电离层共享状态模块；18 个 *_eq 平衡标志 + 27 个 tau* 反应系数（SAVE/THREADPRIVATE），allocate_param_iono 分配（physiq 调用），temp_elect 按 Viking/MAVEN 算电子温度（calchim 调用），paramfoto_compact 消费。 |
iono_h.md, physiq_mod.md, aeronomars/index.md |
| jthermcalc.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\jthermcalc.F |
基础版热层光吸收系数计算器；jthermcalc 按 36 个光谱区间对 13 种物种柱密度做查表插值写 jfotsout，夜间 zenit>140° 直接返回；当前源码中未发现直接调用点，已被 jthermcalc_e107_mod.F 取代，并依赖 jthermcalc_util.F。 |
jthermcalc.md, aeronomars/index.md |
| jthermcalc_e107_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\jthermcalc_e107_mod.F |
E107 增强版热层光吸收系数计算器；jthermcalc_e107 在基础版之上引入 E10.7 太阳活动参数化（4 阶 TOA 多项式）、日火距离修正和 callkeys_mod 开关；被 hrtherm.F 和 chemthermos.F90 调用。 |
jthermcalc_e107_mod.md, jthermcalc.md, aeronomars/index.md |
| jthermcalc_util.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\jthermcalc_util.F |
热层光吸收计算共享工具模块；column 计算 13 种物种柱密度（含球面大气光学路径）、interfast 做快速查表线性插值、espesor_optico_A 计算球面几何光程、grid_R8 网格索引查找、遗留 flujo 无调用方；被 jthermcalc/jthermcalc_e107 共同依赖。 |
jthermcalc_util.md, jthermcalc.md, jthermcalc_e107_mod.md, aeronomars/index.md |
| moldiff.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\moldiff.F |
原版（legacy）14 物种分子扩散模块（死代码，无调用方）；moldiff_mod 用 Dickinson & Ridley 1972 α 矩阵 + LU 求逆 + 隐式三对角求解，含 Jeans 逃逸（Hunten 1973）和 O 质量守恒，仅 z>65km 生效；已被 moldiff_red/moldiff_MPF 完全取代。 |
moldiff.md, moldiffcoeff.md, aeronomars/index.md |
| moldiff_MPF.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\moldiff_MPF.F90 |
MPF（Modified Pass Flow, Parshev 1987）16 物种分子扩散模块；moldiff_MPF_mod 用 Wilke 多组分扩散系数 + Krasnopolsky 2002 涡流扩散 + Jeans H/H₂/D 逃逸（含热扩散 αT=−0.25）+ 可选质量守恒修正器，精细网格五步时间分裂；由 thermosphere_mod 在 moldiff_scheme==2（默认）下调用。 |
moldiff_MPF.md, moldiffcoeff_red.md, aeronomars/index.md |
| moldiff_red.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\moldiff_red.F90 |
简化版 16 物种分子扩散模块；moldiff_red_mod 用二元 dij 简化公式逐物种隐式三对角求解，含 Jeans H/H₂/D 逃逸（无热扩散修正）和行星球积分通量；由 thermosphere_mod 在 moldiff_scheme==1（非默认）下调用。 |
moldiff_red.md, moldiffcoeff_red.md, aeronomars/index.md |
| moldiffcoeff.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\moldiffcoeff.F |
14 物种二元分子扩散系数矩阵模块；moldiffcoeff 按 Nair 1994 用 H2-X/H-O 基础系数按 sqrt(mmol) 缩放填 dij(14,14)（对称、对角 1.0），firstcall 缺任一必需 tracer 即 stop 并在通过后设置 GCM 索引；每次调用覆写 coeffs.dat；由 moldiff 调用。 |
moldiffcoeff.md, moldiff.md, tracer_mod.md, aeronomars/index.md |
| moldiffcoeff_red.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\moldiffcoeff_red.F |
简化分子扩散系数矩阵模块（moldiffcoeff 变体）；moldiffcoeff_red 同 Nair 1994 算法，gcmind/ncompdiff2 由调用方传入，h2/h/o 按 noms 名查，coeffs.dat 由 outputcoeffs=.false. 门控；由 moldiff_red/moldiff_MPF 调用。 |
moldiffcoeff_red.md, moldiffcoeff.md, aeronomars/index.md |
| molvis.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\molvis.F |
热层分子黏性速度扩散模块；molvis 用 conc_mod::Akknew/cpnew/rnew 构造黏性系数和密度，按底部零速度、顶部零通量和 10 km 顶层厚度做隐式三对角求解，输出 u/v 风速 tendency；由 thermosphere_mod 在 callmolvis 下调用两次。 |
molvis.md, conduction.md, conc_mod.md, aeronomars/index.md |
| param_read.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\param_read.F |
旧版热层 EUV 参数表读取模块；param_read 由 master 从 datadir/EUVDAT/param_v5 读取柱积分、光吸收、太阳通量修正和解离/电离效率表，写入 param_v4_h 并广播；当前源码未找到活跃调用点，需与 param_read_e107 路径区分。 |
param_read.md, datafile_mod.md, aeronomars/index.md |
| param_read_e107.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\param_read_e107.F |
当前热层 E107 参数读取模块；physiq_mod 在 callthermos 初始化分支调用，master 读取 EUVDAT/param_v6、fit_js_e107.dat、e107_MY*.dat 和 Schunk & Nagy 分支比文件，写入 param_v4_h 并广播。 |
param_read_e107.md, physiq_mod.md, datafile_mod.md, param_read.md |
| param_v4_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\param_v4_h.F90 |
热层共享状态模块；声明 EUV/E107 查表、反应速率 rcoef(61,3)、光解输出 jfotsout 和热层化学产损/时间尺度缓存，fill_data_thermos 填硬编码代表波长/截面，allocate_param_thermos 按 nlayer 分配缓存。 |
param_v4_h.md, param_read_e107.md, hrtherm.md, chemthermos_readini.md, physiq_mod.md |
| perosat.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\perosat.F |
H2O2 饱和/凝结后处理模块；perosat 在光化学后按温度和压力计算 H2O2 饱和摩尔分数，把超饱和量从高层向下转移，底层超出量写入 pdqscloud，并输出 pdqcloud tendency。 |
perosat.md, calchim_mod.md, aeronomars/index.md |
| paramfoto_compact.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\paramfoto_compact.F |
热层光化学/离子化学积分模块；chemthermos 调主例程更新 rm 数密度矩阵，photochemistry_mod 直接调用 phdisrate 获取离子光化学 jion，内部消费 param_v4_h 的 E107 光吸收、分支比和 rcoef 反应速率。 |
paramfoto_compact.md, chemthermos.md, param_read_e107.md, reaction-rates.md, iono_h.md |
| photochemistry_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\photochemistry_mod.F90 |
主光化学积分模块；calchim 逐列调用 photochemistry，在线或离线计算光解率，可选消费 jthermcalc_e107/phdisrate 的离子光电离率，填反应速率和 ASIS 化学计量矩阵，逐层用 LAPACK 隐式积分并写回 zycol。 |
photochemistry_mod.md, calchim_mod.md, paramfoto_compact.md, chemistrydata.md, aeronomars/index.md |
| photolysis.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\photolysis.F90 |
离线光解查找表插值模块；photolysis 消费 chemistrydata_mod::jphot 等表，按温度、SZA、CO2 空气柱、O3 柱量比和尘埃光学厚度插值得基础 v_phot，并做日火距离修正。 |
photolysis.md, photochemistry_mod.md, chemistrydata.md, aeronomars/index.md |
| photolysis_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\photolysis_mod.F90 |
在线光解初始化和共享谱表模块；init_photolysis 建立 nw=162 低分辨率波长网格，读取太阳通量、吸收截面、量子产额和固定反照率并广播，供 photolysis_online 计算基础光解率。 |
photolysis_mod.md, calchim_mod.md, photochemistry_mod.md, photolysis.md, photolysis_online.md, aeronomars/index.md |
| photolysis_online.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\photolysis_online.F |
在线光解率计算模块；photolysis_online 消费 photolysis_mod 共享谱表，逐波长做两流辐射传输（Toon 1989 + 伪球面修正），累加 15 个光解率 v_phot。 |
photolysis_online.md, photolysis_mod.md, photochemistry_mod.md, photolysis.md, aeronomars/index.md |
| surfacearea.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\surfacearea.F |
气溶胶表面积计算模块；surfacearea 按微物理/简单云两种方案计算尘/冰颗粒总表面积密度 surfdust/surfice（m2/m3），供 calchim 异相反应使用。 |
surfacearea.md, calchim_mod.md, photochemistry_mod.md, physiq_mod.md, aeronomars/index.md |
| thermosphere_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\thermosphere_mod.F |
热层物理过程总调度模块；thermosphere 按 calleuv/callconduct/callmolvis/callmoldiff 四个开关依次调 EUV 加热、热传导、黏性扩散和分子扩散，把各 tendency 累加回 pdt/pdu/pdv/pdq。 |
thermosphere_mod.md, euvheat.md, conduction.md, molvis.md, moldiff_MPF.md, physiq_mod.md, aeronomars/index.md |
| types_asis.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\aeronomars\types_asis.F90 |
ASIS 光化学反应索引类型模块；定义 z3spec/z4spec 和线程私有 indice_phot/indice_3/indice_4 共享数组，由 photochemistry_mod::indice 分配填充、fill_matrix 消费。 |
types_asis.md, photochemistry_mod.md, aeronomars/index.md |
| dynphy_lonlat | 目录 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat |
lon-lat 动力-物理耦合、初始化和运行参数相关目录。 | dynphy_lonlat/index.md |
| avg_horiz_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\avg_horiz_mod.F |
水平空间平均插值模块；avg_horiz 将高分辨率地表数据从源网格复合平均到目标 GCM 网格，由 datareadnc 调用。 |
avg_horiz_mod.md, dynphy_lonlat/index.md |
| caldyn0.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\caldyn0.F |
lon-lat GCM 动力倾向计算例程；caldyn0 依次调 13 个 EXTERNAL 子过程完成风转换、气压、质量、通量、位涡、动能、Bernoulli 等计算，由 newstart 调用。 |
caldyn0.md, dynphy_lonlat/index.md |
| callphysiq_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\callphysiq_mod.F90 |
lon-lat 动力-物理耦合适配器模块；call_physiq 校验 planet_type 后将动力核心状态数组转发给 physiq 并回写 tendency。 |
callphysiq_mod.md, dynphy_lonlat/index.md |
| datareadnc.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\datareadnc.F |
火星地表数据 NetCDF 读取与网格插值例程；从 surface.nc 读取 z0/反照率/热惯量/MOLA 地形/亚网格参数，插值到 GCM 网格，由 newstart 调用。 |
datareadnc.md, dynphy_lonlat/index.md |
| defrun_new.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\defrun_new.F |
GCM 运行参数配置文件读取器；从 run.def 读取时间步进/耗散/zoom/海绵层/物理频率等 30+ 参数写入公共模块，由 newstart 和 start2archive 调用。 |
defrun_new.md, dynphy_lonlat/index.md |
| grid_noro1.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\grid_noro1.F |
亚网格地形参数计算例程（无旋转网格）；从 USN 高程数据计算 zmea/zstd/zsig/zgam/zthe，由 datareadnc 调用。 |
grid_noro1.md, dynphy_lonlat/index.md |
| ini_archive.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\ini_archive.F |
start_archive NetCDF 文件头部写入例程；定义 11 个维度、坐标/垂直系数/土壤/地表/坡面静态变量和 100 元素控制参数表，由 start2archive 调用。 |
ini_archive.md, dynphy_lonlat/index.md |
| iniphysiq_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\iniphysiq_mod.F90 |
物理初始化主入口模块；依次调用 inigeomphy/phys_state_var_init/ini_fillgeom/conf_phys 完成网格-几何-状态-配置初始化，由 newstart/nogcm/start2archive 调用。 |
iniphysiq_mod.md, dynphy_lonlat/index.md |
| interp_vert.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\interp_vert.F |
垂直坐标线性插值例程；将 GCM 变量从旧混合 σ-p 垂直层插值到新垂直层，由 lect_start_archive 调用。 |
interp_vert.md, dynphy_lonlat/index.md |
| leapfrog_nogcm.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\leapfrog_nogcm.F |
独立物理模式时间积分主循环；Matsuno forward/backward + leapfrog 步进，牛顿松弛+水平混合替代动力核心，由 nogcm 调用。 |
leapfrog_nogcm.md, dynphy_lonlat/index.md |
| lect_start_archive.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\lect_start_archive.F |
start_archive NetCDF 读取与网格插值主例程；读取全部初始场并通过 interp_vert/interp_horiz/interp_line 重映射到当前网格，由 newstart 调用。 |
lect_start_archive.md, dynphy_lonlat/index.md |
| mvc_horiz_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\mvc_horiz_mod.F |
最大值复合水平插值模块；将高分辨率地表数据取亚网格最大值映射到 GCM 网格，由 datareadnc 调用。 |
mvc_horiz_mod.md, dynphy_lonlat/index.md |
| newstart.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\newstart.F |
交互式初始场编辑器；从 start_archive.nc 或 start.nc/startfi.nc 读取状态，修改地形、压力、tracer、地下冰和坡面数等状态后写出 restart.nc/restartfi.nc。 |
newstart.md, lect_start_archive.md, datareadnc.md, dynphy_lonlat/index.md |
| nogcm.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\nogcm.F90 |
独立物理模式主程序；读取配置和 start.nc/理想场，初始化物理、日历和输出后调用 leapfrog_nogcm 时间积分。 |
nogcm.md, leapfrog_nogcm.md, dynphy_lonlat/index.md |
| readhead_NC.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\readhead_NC.F |
NetCDF 头信息读取例程；从 controle、经纬度、面积、phisinit、aps/bps 填充动力常数、几何和垂直坐标状态，由 xvik 调用。 |
readhead_NC.md, dynphy_lonlat/index.md |
| scal_wind.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\scal_wind.F |
风场位置转换例程；把 xus/xvs 相邻平均到 u/v 风点，由 lect_start_archive 调用后再乘 cu/cv 得协变风。 |
scal_wind.md, lect_start_archive.md, dynphy_lonlat/index.md |
| start2archive.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\start2archive.F |
起始场归档转换主程序；读取 start.nc/startfi.nc，初始化动力和物理网格，将字段转为归档坐标并创建或追加 start_archive.nc。 |
start2archive.md, ini_archive.md, dynphy_lonlat/index.md |
| subslope_mola.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\subslope_mola.F90 |
MOLA 坡面分布重算模块；读取 datadir/mola64.nc 高程，计算坡度/坡向并按 GCM 网格统计 subslope_dist，由 newstart 的 nslope 分支调用。 |
subslope_mola.md, newstart.md, comslope_mod.md |
| wind_scal.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\wind_scal.F |
风场标量格点转换例程；将 pbaru/pbarv 相邻平均为 us/vs，设置 zonal 周期边界并将 meridional 极区置零，由 start2archive 调用。 |
wind_scal.md, start2archive.md, scal_wind.md |
| write_archive.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\write_archive.F |
start_archive 变量追加器；按 dim 和变量名选择 NetCDF 维度，必要时调用 def_var 创建变量，再把数据写到指定 Time 记录。 |
write_archive.md, start2archive.md, def_var.md |
| xvik.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\dynphy_lonlat\phymars\xvik.F |
Viking/InSight 压力后处理程序；读取 diagfi NetCDF，输出站点压力、全球平均压力/CO2 冰等效压力、日平均和 Fourier 谐波拟合。 | xvik.md, readhead_NC.md, util/index.md |
| deftank | 目录 | LMDZ.MARS\deftank |
GCM 配置、运行脚本、XIOS XML 和示例 def 文件目录。 | config-system.md |
| util | 目录 | LMDZ.MARS\util |
后处理、诊断、插值、初始场转换等工具目录。 | util/index.md |
| datadir | 目录 | LMDZ.MARS\datadir |
运行时数据目录；当前只在项目结构和主题页中作为数据依赖提及。 | project-structure.md, dust-cycle.md |
| startfiles | 目录 | LMDZ.MARS\startfiles |
初始状态目录；当前由项目结构页概览。 | project-structure.md |
| callsedim_mod.F | 源码文件/例程专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\callsedim_mod.F |
callsedim 沉降调度例程，按示踪剂类别准备粒径、密度和沉降调用。 |
callsedim_mod.md, dust-cycle.md |
| newsedim_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\newsedim_mod.F |
单示踪物重力沉降核心计算单元。 | newsedim_mod.md, callsedim_mod.md |
| dust_coagulation_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dust_coagulation_mod.F90 |
尘埃凝并微物理方案；由 physiq_mod.F 在 dust_coagulation 开关下调用。 |
dust_coagulation_mod.md, dust-cycle.md |
| physiq_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\physiq_mod.F |
Mars physics 主时间步调度模块；physiq 接收动力状态并按源码顺序累加辐射、尘埃、垂直扩散、热羽流、对流、水循环、CO2 云/凝结、化学、热层、地表/土壤和诊断/restart 输出的 tendency 与副作用。 |
physiq_mod.md, physiq-co2-cycle-callpoints.md, physiq-water-cycle-callpoints.md, dust-cycle.md, water-cycle.md, co2-cycle.md, radiation.md |
| callradite_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\callradite_mod.F |
辐射计算主入口；识别 scatterer，加载光学表，调用 updatereffrad/aeroptproperties/aeropacity，按子域调度 lwmain 和 swmain 并输出加热率/通量。 |
callradite_mod.md, radiation.md, phymars/index.md |
| lwmain_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lwmain_mod.F |
长波 LTE 辐射主程序；组织 lwb/lwu/lwxd/lwxn/lwxb/lwflux/lwi，刷新交换率缓存并输出长波冷却率和地表/顶层通量。 |
lwmain_mod.md, callradite_mod.md, radiation.md |
| swmain_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\swmain_mod.F |
短波辐射主程序；按 swrtype 对两太阳谱段调用 Fouquart 或 Toon solver，缩放上下行短波通量并用净通量散度计算加热率。 |
swmain_mod.md, callradite_mod.md, radiation.md |
| aeropacity_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\aeropacity_mod.F |
气溶胶光学厚度计算，连接辐射与尘埃缩放；由 callradite 调用，逐种气溶胶逐层算可见光光学厚度与 dso 诊断。 |
aeropacity_mod.md, radiation.md, dust-cycle.md |
| aeroptproperties.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\aeroptproperties.F |
气溶胶光学属性计算；按 reffrad/nueffrad 对单粒子散射参数做对数正态尺寸分布 Gauss-Legendre 积分与插值，由 callradite 在 aeropacity 前调用。 |
aeroptproperties.md, radiation.md, dust-cycle.md |
| updatereffrad_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\updatereffrad_mod.F |
辐射前更新尘埃、水冰、CO2 冰等气溶胶的有效半径和有效方差，输出 reffrad/nueffrad 供 aeroptproperties 做尺寸分布光学积分。 |
updatereffrad_mod.md, updaterad.md, aeroptproperties.md, radiation.md, dust-cycle.md |
| suaer.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\suaer.F90 |
气溶胶光学属性查找表加载器；读取 optprop_* ASCII 表，调用 aerave 做 VIS/IR 带平均，并填充 dimradmars_mod 共享光学表。 |
suaer.md, aerave.md, aeroptproperties.md, radiation.md |
| aerave.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\aerave.F |
气溶胶辐射性质带平均化工具；将光学性质从高分辨率光谱通过普朗克加权平均到 GCM 辐射带。 | aerave.md, radiation.md |
| nirdata.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nirdata.F90 |
近红外 CO2 NLTE 修正表模块；physiq 在 callnirco2.and.nircorr.eq.1 时调用 NIR_leedat 读取 NIRcorrection_feb2011.dat，供 nirco2abs 插值使用。 |
nirdata.md, nirco2abs.md, radiation.md |
| nirco2abs.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nirco2abs.F |
近红外 CO2 吸收加热率计算；含 NLTE 修正和日平均积分。 | nirco2abs.md, radiation.md, co2-cycle.md |
| nlte_calc.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nlte_calc.F |
CO2 15 微米 NLTE 冷却中的光学厚度、escape probability 和 Curtis-matrix 系数计算；输出 c110/vc110/c121/vc121/taustar* 供 nlte_tcool_mod.F 使用。 |
nlte_calc.md, nlte_aux.md, phymars/index.md |
| nlte_aux.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nlte_aux.F |
CO2 15 微米 NLTE 冷却快速方案的外部辅助例程集合；读取历史谱线表，提供查表插值、Voigt 等效线宽、escape probability 归一化、LU 求解和平滑工具。 | nlte_aux.md, phymars/index.md, radiation.md |
| nlte_commons_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nlte_commons_h.F90 |
CO2 15 微米 NLTE 参数化的共享状态模块；保存谱线常数、查表、大气剖面、CTS 网格、Curtis matrices、escape probability、碰撞率和历史谱线缓存，供 nlte_setup.F、nlte_aux.F、nlte_calc.F 和 nlte_tcool_mod.F 读写。 |
nlte_commons_h.md, nlte_aux.md, nlte_calc.md |
| nlte_paramdef_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nlte_paramdef_h.F90 |
CO2 15 微米 NLTE 参数化的编译期参数模块；定义 nl/nl_cts/nzy/nzy_cts 等网格维度、压力边界、谱带/同位素数量、辐射常数、波数表和火星 CO2 同位素混合比。 |
nlte_paramdef_h.md, nlte_commons_h.md, nlte_calc.md |
| nlte_setup.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nlte_setup.F |
CO2 15 微米 NLTE 运行时初始化文件；从 datadir/NLTEDAT 读取同位素谱线、Tstar/VC 和历史谱线表，在非 MESOSCALE 路径广播表状态，并用 GETK_dlvr11 计算温度相关碰撞速率。 |
nlte_setup.md, nlte_commons_h.md, nlte_aux.md, nlte_paramdef_h.md |
| nlte_tcool_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nlte_tcool_mod.F |
nltemodel=2 的 CO2 15 微米 NLTE 快速冷却率模块；把 GCM 剖面重采样到 NLTE/CTS 网格，求解 CZA 耦合矩阵，拼接 CTS 高层冷却并输出 K/day。 |
nlte_tcool_mod.md, nlte_setup.md, nlte_calc.md, nlte_aux.md |
| nltecool.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nltecool.F |
nltemodel=0/1 的 CO2 15 微米 NLTE cool-to-space 冷却率模块；使用内置 68 点 escape function / VMR 表或动态 tracer 成分，求解两能级两通道冷却并输出 K/s。 |
nltecool.md, nlte_tcool_mod.md, blendrad.md |
| nlteparams_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nlteparams_h.F90 |
LTE/NLTE 辐射倾向过渡参数模块；定义过渡中心压强、半宽、LTE 覆盖阈值和 blendrad 的 alpha 指数，供 blendrad.F 与 nlthermeq.F 使用。 |
nlteparams_h.md, blendrad.md |
| nlthermeq.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nlthermeq.F |
LTE/NLTE 过渡层选择器；按 pminte 和当前层中心压强剖面写入 yomlw_h::nlaylte，供 LTE 辐射和 blendrad 限定层范围。 |
nlthermeq.md, nlteparams_h.md, blendrad.md |
| blendrad.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\blendrad.F |
辐射倾向合并：用 sigmoid alpha 在 LTE（短波+长波）与 NLTE 之间平滑过渡，输出净加热率 dtrad；仅 callnlte 时调用。 | blendrad.md, radiation.md |
| flusv.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\flusv.F |
长波红外散射通量求解器；组装 2*n 三对角边值问题求上下行通量，当前由 lwdiff.F 以 nsf=0 调用。 |
flusv.md, radiation.md |
| lwb.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lwb.F |
长波 LTE 辐射的 Planck 函数预处理模块；按 xp 多项式系数计算地表、顶层、层界、层中心谱带 Planck 函数及温度导数，供 lwflux 和 lwi 使用。 |
lwb.md, radiation.md |
| lwdiff.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lwdiff.F |
长波 LTE 辐射的带外散射通量汇总模块；对 iir=3:nir 谱带把每层拆成两个扩散子层，调用 flusv 并把上下行通量累加回 lwflux。 |
lwdiff.md, flusv.md, radiation.md |
| lwflux.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lwflux.F |
长波 LTE 辐射的通量和冷却率汇总模块；合并 CO2 15 微米带内净交换率与 lwdiff 带外扩散通量，输出 netrad、coolrate、fluxground 和 fluxtop。 |
lwflux.md, lwdiff.md, lwb.md, radiation.md |
| lwi.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lwi.F |
长波 LTE 辐射的半隐式冷却率修正模块；用 netrad、dblay、dp 和 xi 组装垂直三对角线性化系统，输出 newcoolrate。 |
lwi.md, lwflux.md, lwb.md, radiation.md |
| lwtt.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lwtt.F |
长波 LTE 辐射的 CO2 带透过率计算模块；用 Voigt 等效吸收量、Padé 近似和 Horner 算法输出 tr，供 lwxd、lwxn、lwxb 组合净交换率。 |
lwtt.md, radiation.md |
| lwu.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lwu.F |
长波 LTE 辐射的 CO2 吸收量和气溶胶光学预处理模块；生成 co2_u/co2_up/aer_t 以及 tautotal/omegtotal/gtotal，供 lwxb、lwxd、lwxn、lwdiff 和 lwflux 使用。 |
lwu.md, lwtt.md, lwdiff.md, radiation.md |
| lwxb.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lwxb.F |
长波 LTE 辐射的边界交换系数构造模块；把 co2_u/co2_up/aer_t 组合成层-空间、地面-层和地面-空间路径，调用 lwtt 后写入 yomlw_h::xi。 |
lwxb.md, lwtt.md, lwu.md, radiation.md |
| lwxd.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lwxd.F |
长波 LTE 辐射的远距离层间交换系数构造模块；把 co2_u/co2_up/aer_t 组合成非相邻层对路径，调用 lwtt 后写入 yomlw_h::xi，并按源码字面写出当前为 0 的邻近反射缓存 xi_emis。 |
lwxd.md, lwtt.md, lwu.md, radiation.md |
| lwxn.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lwxn.F |
长波 LTE 辐射的相邻层交换系数构造模块；把相邻两层拆成可配置子层，调用 lwtt 积分得到 yomlw_h::xi 相邻项，并写出底层 xi_ground 修正。 |
lwxn.md, lwtt.md, lwu.md, lwxd.md, radiation.md |
| geticecover.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\geticecover.F90 |
Titus/TES 极冠边界掩膜；按 Ls、经度、纬度返回 0/1 CO2 季节极冠覆盖，physiq 的 tituscap 分支用它覆盖 qsurf_tmp(:,igcm_co2) 后乘以 10000.。 |
geticecover.md, physiq-co2-cycle-callpoints.md, co2-cycle.md |
| growthrate.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\growthrate.F |
水冰晶增长阻力和 H2O/CO2 扩散系数辅助例程；improvedclouds 在水冰增长分支中用输出 res 进入隐式 dMice 公式。 |
growthrate.md, improvedclouds_mod.md, water-cycle.md |
| sig_h2o.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\sig_h2o.F90 |
水冰-空气表面张力辅助函数；用 (141 - 0.15*T)*1e-3 返回温度相关表面张力，供水冰成核率和 Kelvin 饱和修正使用。 |
sig_h2o.md, nuclea.md, improvedclouds_mod.md |
| nuclea.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nuclea.F |
水冰异质成核率（Pruppacher & Klett 1978 / Keese 1989）+ fshape 接触几何因子；由 improvedclouds 在水冰云成核段按尘核 bin 计算 rate。 |
nuclea.md, improvedclouds_mod.md, water-cycle.md |
| longwave 辐射辅助文件 | 源码文件组 | libf\phymars longwave support |
长波辐射辅助计算文件组；lwb.F、lwdiff.F、lwflux.F、lwi.F、lwtt.F、lwu.F、lwxb.F、lwxd.F、lwxn.F 和 yomlw_h.F90 已有直接文件页，其余文件当前主要为主题页级覆盖。 |
lwb.md, lwdiff.md, lwflux.md, lwi.md, lwtt.md, lwu.md, lwxb.md, lwxd.md, lwxn.md, yomlw_h.md, radiation.md |
| shortwave 辐射辅助文件 | 源码文件组 | libf\phymars\swr_fouquart.F, swr_toon.F, swrayleigh.F |
短波辐射辅助计算文件组；Fouquart、Toon 和 Rayleigh 辅助均已有专页。 | swr_fouquart.md, swr_toon.md, swrayleigh.md, radiation.md |
| cvmgt.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\cvmgt.F |
实数选择函数模块；swr_toon 和 swr_fouquart 在 aerosol 光学量归一化时用它选择除零保护默认值。 |
cvmgt.md, radiation.md |
| tabfi.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\tabfi.F |
物理控制表读取和默认常数初始化；从 controle 数组恢复物理常数、轨道参数、地表/冰参数和土壤热容，并调用 iniorbit。 |
tabfi.md, phyetat0_mod.md, planete_h.md |
| mucorr.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\mucorr.F |
非日变化太阳几何辅助模块；physiq_mod.F 在 diurnal=.false. 分支用它计算日平均等效太阳角 mu0 和日照比例 fract。 |
mucorr.md, radiation.md |
| solang.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\solang.F |
日变化太阳角辅助例程；按格点经纬度三角缓存、太阳赤纬和时角计算 mu0，并用 mu0>0 写出 0/1 日照标志 fract。 |
solang.md, nirco2abs.md, mucorr.md, radiation.md |
| orbite.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\orbite.F |
轨道几何换算模块；physiq_mod.F 在 callrad 分支用 zls 调用它，计算 dist_sol 和 declin，供太阳角、辐射通量缩放、近红外 CO2、坡面和热层路径使用。 |
orbite.md, comsaison_h.md, mucorr.md, radiation.md |
| planete_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\planete_h.F90 |
行星轨道和湍流下限共享状态模块；保存 aphelie/periheli/year_day/peri_day/obliquit/lmixmin/emin_turb，并由 iniorbit 派生 e_elips/p_elips/lsperi 供 solarlong、orbite 和 restart 控制表链路使用。 |
planete_h.md, orbite.md, phyredem.md, radiation.md |
| solarlong.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\solarlong.F |
火星日期到太阳经度转换例程；读取 planete_h 的近日点日期、年长、偏心率和近日点太阳经度，解 Kepler 方程后输出弧度制 Ls。 |
solarlong.md, planete_h.md, orbite.md, solang.md |
| planetwide_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\planetwide_mod.F90 |
全行星最大值、最小值和求和规约工具；并行路径中收集本地物理网格到 master，规约后广播结果，供 physiq、热羽流、山顶地形、tracer 质量修正以及 moldiff_red/moldiff_MPF 高层逃逸通量使用。 |
planetwide_mod.md, topmons_mod.md, tracer_mass_fixer_dyn_mod.md |
| surfdat_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\surfdat_h.F90 |
地表共享状态模块；声明地表反照率、位势、粗糙度、水冰帽、坡面地表、次网格地形和山顶地形数组，并提供完整/坡面变量分配释放例程。 | surfdat_h.md, phys_state_var_init_mod.md, phyetat0_mod.md |
| surfini_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\surfini_mod.F90 |
水冰帽初始化模块；按 icelocationmode 从 surface.nc、预定义分辨率、经纬度逻辑、startfi 或热惯量生成 watercaptag/dryness。 |
surfini_mod.md, surfdat_h.md, phyetat0_mod.md |
| datafile_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\datafile_mod.F90 |
运行时外部数据目录共享模块；定义 datadir 默认路径和 OpenMP threadprivate 状态，下游用它定位光学表、CO2 云表、极冠反照率、尘埃场景、化学和 NLTE 数据。 |
datafile_mod.md, config-system.md, co2-cycle.md, radiation.md, dust-cycle.md |
| def_var.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\def_var.F90 |
传统 NetCDF 输出变量定义辅助例程；进入 define mode，用 NF_FLOAT 创建变量，写 title/units 属性并退出 define mode，供 writediagfi、writediagmicrofi、writediagsoil、write_archive、ini_archive 和 iniwrite 调用。 |
def_var.md, writediagsoil.md, iniwritesoil.md |
| iniwrite.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\iniwrite.F |
传统 diagfi / diagmicrofi NetCDF 初始化例程；定义经纬度、垂直层、控制参数、土壤深度、网格面积和地表位势，并写入固定字段。 |
iniwrite.md, def_var.md |
| dimphy.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dimphy.F90 |
本地物理网格维度共享模块；保存 OpenMP 子网格列数 klon、垂直层数 klev 及 klev+1/klev-1 派生维度，供场检查、restart I/O、全行星统计和 XIOS 输出路径读取。 |
dimphy.md, check_fields.md |
| dimradmars_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dimradmars_mod.F90 |
辐射维度、气溶胶 scatterer 名称表和 VIS/IR 光学查找表共享状态模块；分配 aerosol/dtrad/fluxrad/albedo 等数组，承载 suaer/aeroptproperties/aeropacity/updatereffrad 的辐射光学状态。 |
dimradmars_mod.md, conf_phys.md, suaer.md, aeroptproperties.md, radiation.md |
| yomlw_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\yomlw_h.F90 |
长波 LTE 辐射共享状态模块；分配 xi/xi_ground/xi_emis 交换率缓存，初始化 Planck、吸收温度依赖、Padé 和 Voigt 系数，并保存 nlaylte/gcp 等下游辐射共享状态。 |
yomlw_h.md, radiation.md, lwb.md, lwu.md, lwtt.md, lwflux.md, lwi.md |
| callkeys_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\callkeys_mod.F90 |
物理包运行时开关与共享参数模块；声明辐射、尘埃、水循环、CO2 云、PBL 和高层大气分支开关，并以 THREADPRIVATE 保存线程私有状态。 |
callkeys_mod.md, radiation.md, phymars/index.md |
| dust_param_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dust_param_mod.F90 |
尘埃循环配置开关与缩放状态枢纽；保存 active/doubleq/freedust/dustscaling_mode、odpref、tauscaling/dust_rad_adjust，由 conf_phys 写入、15+ 文件读取。 |
dust_param_mod.md, dust-cycle.md, phymars/index.md |
| dust_windstress_lift.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dust_windstress_lift.F90 |
风应力起尘源项；摩擦速度超阈值时按 White(1979) 算水平通量并转为地表尘埃注入通量 dqslift，由 vdifc 调用。 |
dust_windstress_lift.md, dust-cycle.md |
| dustdevil.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dustdevil.F90 |
尘卷风起尘参数化（Renno 1998）；由感热通量 (1-b)*Fs 估活动强度并转为地表起尘通量与边界层内注入 tendency，由 physiq 在 callddevil 下调用。 |
dustdevil.md, dust-cycle.md |
| compute_dtau_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\compute_dtau_mod.F90 |
尘埃地表注入调度；把 GCM 与场景的 610 Pa 尘埃柱厚度差 dtau 转为注入速率 dustliftday，由 physiq 调用、vdifc 在注入时窗消费。 |
compute_dtau_mod.md, dust-cycle.md |
| read_dust_scenario_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\read_dust_scenario_mod.F90 |
读取并缓存 dust_*.nc 尘埃场景；按 iaervar 选择文件，兼容 dustop/cdod/cdodext，做时间与经纬插值并输出可见光 tau_pref_scenario。 |
read_dust_scenario_mod.md, compute_dtau_mod.md, dust_rad_adjust_mod.md, dust-cycle.md |
| dust_scaling_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dust_scaling_mod.F90 |
按 dustscaling_mode（freedust/v5.3 tauscaling/v6 dust_rad_adjust）把模型尘埃光学厚度缩放到场景约束，由 aeropacity 调用并就地缩放 aerosol。 |
dust_scaling_mod.md, dust-cycle.md |
| dust_rad_adjust_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dust_rad_adjust_mod.F90 |
GCM v6（dustscaling_mode=2）仅辐射用尘埃缩放；每日 14:00 校准目标比并在相邻两日间时间插值得 dust_rad_adjust，由 compute_dustscaling 调用。 |
dust_rad_adjust_mod.md, dust-cycle.md |
| updaterad.F90 | 源码文件 | LMDZ.MARS\libf\phymars\updaterad.F90 |
尘埃/水冰/CO₂ 冰有效半径反演模块详解 | updaterad.md |
| rocketduststorm_mod.F90 | 源码文件 | LMDZ.MARS\libf\phymars\rocketduststorm_mod.F90 |
火箭式尘暴垂直输运方案详解 | rocketduststorm_mod.md |
| topmons_mod.F90 | 源码文件 | LMDZ.MARS\libf\phymars\topmons_mod.F90 |
山顶地形尘流输运方案详解 | topmons_mod.md |
| comslope_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\comslope_mod.F90 |
次网格坡面参数化共享状态模块；定义坡面统计分布、天空可视比例等变量，提供网格平均计算。 | comslope_mod.md, water-cycle.md, co2-cycle.md |
| vdifc_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\vdifc_mod.F |
垂直扩散主流程；联结地表层 Cd/Ch、PBL K 系数、动量/热力/tracer 隐式扩散、尘埃注入、H2O/HDO 地表交换、坡面投影和地下冰诊断。 | vdifc_mod.md, vdifc-water-surface-exchange.md, dust-cycle.md, water-cycle.md, phymars/index.md |
| conf_phys.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\conf_phys.F |
物理配置入口；读取 run.def/callphys.def/radia.def 风格键，写入 callkeys_mod、尘埃、水循环、CO2、热层和诊断输出共享状态，并执行互斥/依赖校验。 |
conf_phys.md, callkeys_mod.md, water-cycle-config.md, co2-cycle-config.md, dust-cycle.md |
| watersat_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\watersat_mod.F90 |
水饱和质量混合比计算（Murphy & Koop 2005），被 watercloud、improvedclouds、simpleclouds、physiq、vdifc、pbl_parameters 等调用。 | water-saturation-helpers.md, water-cycle.md |
| tcondwater.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\tcondwater.F90 |
水凝结温度反解（5 阶多项式拟合），被 watercloud_mod 调用。 | water-saturation-helpers.md, water-cycle.md |
| watercloud_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\watercloud_mod.F |
水冰云形成主调度模块；simpleclouds/improvedclouds 双方案分派、CLFvarying 次网格、非负保护、HDO 分馏。 | watercloud_mod.md, water-cycle.md, dust-cycle.md |
| simpleclouds_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\simpleclouds_mod.F |
简化水冰云方案（瞬时饱和调整，无成核动力学）；microphys=.false. 时由 watercloud_mod 调用，含 HDO 分馏与 updaterice_typ 半径反演。 |
simpleclouds_mod.md, watercloud_mod.md, water-cycle.md |
| waterice_tifeedback_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\waterice_tifeedback_mod.F90 |
地表/孔隙水冰对土壤热惯量的反馈（Madeleine 2009 / Siegler 2012）；由 physiq 调用，输出经 soil 影响地温。 |
waterice_tifeedback_mod.md, water-cycle.md |
| comsoil_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\comsoil_h.F90 |
土壤共享状态模块：层数常数 nsoilmx=57、层深度几何、热惯量、热扩散系数数组、地下 tracer（水汽/冰/吸附水）及吸附控制开关；20+ 文件依赖。 | comsoil_h.md, water-cycle.md |
| soilwater.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\soilwater.F90 |
地下水汽/吸附水/地下冰一维吸附-扩散-相变求解器（Meslin）；adsorption_soil=.true. 时由 vdifc 逐点逐坡面调用，返回地下→大气水汽通量。 |
soilwater.md, water-cycle.md |
| hdo_surfex_mod.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\hdo_surfex_mod.F |
HDO 地表-大气通量计算（Rossi & Vals 2019）；基于 H2O 通量和同位素分馏（Lamb 平衡 + Jouzel-Merlivat 动力学），由 vdifc 调用。 |
hdo_surfex_mod.md, vdifc-water-surface-exchange.md, water-cycle.md |
| improvedclouds_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\improvedclouds_mod.F90 |
完整水冰云微物理方案（成核+冰增长+CCN 释放+HDO 分馏+自适应子时间步）；microphys=.true. 时由 watercloud_mod 调用。 |
improvedclouds_mod.md, watercloud_mod.md, water-cycle.md, dust-cycle.md |
| co2sat.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\co2sat.F |
CO2 饱和蒸汽压计算（James et al. 1992），由 co2cloud_mod 和 improvedco2clouds_mod 调用。 |
co2-saturation-helpers.md, co2-cycle.md |
| tcondco2.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\tcondco2.F90 |
CO2 凝结温度反解，由 co2cloud_mod 和 improvedco2clouds_mod 调用。 |
co2-saturation-helpers.md, co2-cycle.md |
| density_co2_ice.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\density_co2_ice.F90 |
CO2 冰密度温度依赖计算（Mangan et al. 2017），由 improvedco2clouds、aeropacity、updaterad 调用。 |
density_co2_ice.md, co2-cycle.md |
| improvedco2clouds_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\improvedco2clouds_mod.F90 |
CO2 云微物理核心；成核（尘/流星/水冰 CCN）、冰增长/升华、CCN 释放。 | improvedco2clouds_mod.md, co2-cycle.md |
| co2condens_mod.F | 例程专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\co2condens_mod.F |
CO2 地表/大气凝结主调度（Forget et al. 1998），含 co2condens、vl1d、scavenging_by_co2。 |
co2condens.md, co2condens-scavenging.md, co2-cycle.md |
| albedocaps.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\albedocaps.F90 |
CO2 冰冠/霜地表短波反照率与参考发射率更新；可读取 TES 极冠反照率 NetCDF 并按 Ls/经纬插值。 | albedocaps.md, co2condens.md, co2-cycle.md |
| calcstormfract_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\calcstormfract_mod.F90 |
火箭式尘暴亚格点面积分数计算；从 stormdust_mass 垂直廓线估算 totstormfract 并限制在 0.01 到 0.6。 |
calcstormfract_mod.md, rocketduststorm_mod.md, dust-cycle.md |
| call_dayperi.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\call_dayperi.F |
1D/testphys 轨道日历辅助例程；由近日点太阳经度、偏心率和年长计算近日点 sol。 | call_dayperi.md, testphys1d-config.md |
| dyn1d/abort_gcm.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\abort_gcm.F |
1D testphys 路径的中止例程入口 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3d/abort_gcm.F，公共实现关闭 XIOS/IOIPSL 输出、dump 配置并执行 stop。 |
abort_gcm.md, dyn1d/index.md |
| dyn1d/comconst_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\comconst_mod.F90 |
1D testphys 路径的动力常数模块 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3d_common/comconst_mod.F90，目标模块声明维度、时间步、行星常数、耗散和顶层 sponge 参数。 |
comconst_mod.md, dyn1d/index.md |
| dyn1d/comvert_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\comvert_mod.F90 |
1D testphys 路径的垂直坐标模块 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3d_common/comvert_mod.F90，目标模块声明 ap/bp/aps/bps、参考压力和伪高度，dyn1d 用它构造 plev/play。 |
comvert_mod.md, dyn1d/index.md |
| dyn1d/control_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\control_mod.F90 |
1D testphys 路径可见的公共动力控制模块 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3d_common/control_mod.F90，目标模块声明 3D GCM 日期、步频、输出和模式控制状态。 |
control_mod.md, dyn1d/index.md |
| dyn1d/disvert_noterre.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\disvert_noterre.F |
1D testphys 路径的非地球垂直离散例程 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3d_common/disvert_noterre.F，公共实现读取 esasig.def 或 z2sig.def 并写入 hybrid/sigma 压力坐标系数。 |
disvert_noterre.md, dyn1d/index.md, comvert_mod.md |
| dyn1d/ener_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\ener_mod.F90 |
1D testphys 路径可见的公共动力能量诊断模块 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3d_common/ener_mod.F90，目标模块声明质量、能量、涡度/熵、角动量和 RMS 诊断状态。 |
ener_mod.md, dyn1d/index.md |
| dyn1d/infotrac.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\infotrac.F90 |
1D testphys 路径可见的公共 tracer 元数据模块 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3d_common/infotrac.F90，dyn1d 初始化直接读取 traceur.def 并写入 nqtot/tname/nqperes/nqfils。 |
infotrac.md, dyn1d/index.md, tracer_mod.md |
| dyn1d/init_testphys1d_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\init_testphys1d_mod.F90 |
1D testphys1d 初始化主例程；读取配置、traceur.def、start1D.txt、startfi.nc 和 profile，填充时间、垂直坐标、几何、坡面、地表、土壤、tracer、化学和水 profile 控制状态。 |
init_testphys1d_mod.md, dyn1d/index.md, testphys1d-config.md |
| dyn1d/logic_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\logic_mod.F90 |
1D testphys 路径可见的公共动力逻辑状态 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3d/logic_mod.F90，dyn1d 直接使用 hybrid 控制 hybrid/sigma 垂直坐标。 |
logic_mod.md, dyn1d/index.md, init_testphys1d_mod.md |
| dyn1d/mod_const_mpi.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\mod_const_mpi.F90 |
1D testphys 路径可见的并行常量 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3dpar/mod_const_mpi.F90，提供 COMM_LMDZ/MPI_REAL_LMDZ 和 MPI/XIOS/OASIS 初始化入口，XIOS 分支下 COMM_LMDZ 供 1D physics distribution 使用。 |
mod_const_mpi.md, dyn1d/index.md, init_testphys1d_mod.md |
| dyn1d/mod_interface_dyn_phys.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\mod_interface_dyn_phys.F90 |
1D testphys 路径可见的动力-物理接口 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dynphy_lonlat/mod_interface_dyn_phys.F90，并行分支分配 index_i/index_j 映射本地物理列到动力网格，顺序分支为空例程。 |
mod_interface_dyn_phys.md, dyn1d/index.md, init_testphys1d_mod.md |
| dyn1d/parallel_lmdz.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\parallel_lmdz.F90 |
1D testphys 路径可见的并行运行时 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3dpar/parallel_lmdz.F90，公共模块初始化 MPI/OpenMP rank 分配、halo 交换、gather/broadcast 和并行结束路径。 |
parallel_lmdz.md, dyn1d/index.md, mod_const_mpi.md |
| dyn1d/profile_temp_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\profile_temp_mod.F90 |
1D testphys 温度廓线构造模块；profile_temp 按 ichoice 生成常温、Savidjari、Lindner、逆温、Seiff、Gaussian 或 ASCII profile_temp 文件温度，并写出 profile_temp.out。 |
profile_temp_mod.md, dyn1d/index.md, init_testphys1d_mod.md, testphys1d-config.md |
| dyn1d/read_profile_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\read_profile_mod.F90 |
1D testphys tracer 初始廓线读取模块；逐 tracer 打开 profile_<name>，先读 qsurf 再读层混合比，缺文件时为 CO2、HDO 和 dust 提供默认初始化。 |
read_profile_mod.md, dyn1d/index.md, init_testphys1d_mod.md, extractcolumnfor1D.md |
| dyn1d/serre_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\serre_mod.F90 |
1D testphys 路径可见的公共动力 zoom/水平网格状态 stub；当前文件指向 LMDZ.COMMON/libf/dyn3d_common/serre_mod.F90，目标模块声明 clon/clat/grossismx/grossismy/dzoomx/dzoomy/taux/tauy 等参数。 |
serre_mod.md, dyn1d/index.md, defrun_new.md |
| dyn1d/testphys1d.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\testphys1d.F90 |
1D testphys 单柱主程序；检查 run.def 和 start 文件，调用 init_testphys1d，必要时写 startfi.nc，逐时间步调用 physiq 并更新风、温度、表压、压力层和 tracer，可写 restart1D.txt。 |
testphys1d.md, dyn1d/index.md, testphys1d-config.md, init_testphys1d_mod.md, physiq_mod.md |
| dyn1d/writerestart1D_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\dyn1d\writerestart1D_mod.F90 |
1D testphys 文本 restart 写出模块；writerestart1D 用 ASCII ps、tracer、u、v、teta 记录覆盖写出 restart1D.txt，供后续作为 start1D.txt 格式来源。 |
writerestart1D_mod.md, testphys1d.md, init_testphys1d_mod.md, testphys1d-config.md |
| calldrag_noro_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\calldrag_noro_mod.F90 |
Lott 地形重力波/次网格地形拖曳调用层；按 ndomainsz 分块、用 zstd 阈值筛选格点并调用 drag_noro。 |
calldrag_noro_mod.md, config-system.md, testphys1d-config.md |
| drag_noro_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\drag_noro_mod.F90 |
地形重力波/次网格地形拖曳的 ORODRAG 包装层；翻转垂直层序、构造 zgeom，把 ORODRAG tendency 转为每步增量并累加 stress。 |
drag_noro_mod.md, calldrag_noro_mod.md |
| sugwd.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\sugwd.F90 |
地形重力波参数初始化层；首调用时根据半层 sigma 坐标写入 yoegwd_h 中的 NKTOPG、drag 系数、Richardson 数阈值和数值安全下限。 |
sugwd.md, calldrag_noro_mod.md, orodrag_mod.md, orosetup.md |
| yoegwd_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\yoegwd_h.F90 |
地形重力波拖曳共享调参状态模块；保存 SUGWD 写入的 drag 系数、Richardson 阈值、安全下限和 NKTOPG，供 OROSETUP/GWSTRESS/GWPROFIL/ORODRAG 读取。 |
yoegwd_h.md, sugwd.md, orosetup.md, gwstress_mod.md |
| orodrag_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\orodrag_mod.F90 |
地形重力波/次网格地形拖曳核心；调用 OROSETUP、GWSTRESS、GWPROFIL 生成 ZTAU，再把 stress 差分和阻塞层 wake drag 转换为 U/V/T tendency。 |
orodrag_mod.md, drag_noro_mod.md, gwstress_mod.md, gwprofil_mod.md |
| orosetup.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\orosetup.F90 |
地形重力波拖曳预处理；为 ORODRAG 计算层索引、低层风、稳定度、密度、地形方向投影和阻塞层 leakiness。 |
orosetup.md, orodrag_mod.md, gwstress_mod.md, gwprofil_mod.md |
| gwprofil_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\gwprofil_mod.F90 |
地形重力波 stress profile 计算；在 ORODRAG 内根据临界层、波破碎判据和阻塞层压力插值改写 ZTAU。 |
gwprofil_mod.md, drag_noro_mod.md, calldrag_noro_mod.md |
| gwstress_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\gwstress_mod.F90 |
地形重力波底层应力初始化；在 ORODRAG 内按方程 (17) 计算 ZTAU(:,nlayer+1)，供 GWPROFIL 重算廓线。 |
gwstress_mod.md, gwprofil_mod.md, drag_noro_mod.md, calldrag_noro_mod.md |
| nonoro_gwd_mix_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nonoro_gwd_mix_mod.F90 |
J. Liu 非地形重力波诱导混合方案；在 calljliu_gwimix 开启时计算温度、纬向风和 tracer 混合 tendency，并维护 *_eddymix_* 记忆数组。 |
nonoro_gwd_mix_mod.md, phymars/index.md, xios-config.md |
| nonoro_gwd_ran_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nonoro_gwd_ran_mod.F90 |
FLott/J. Liu 随机非地形重力波动量拖曳方案；在 calllott_nonoro 开启时计算 U/V 动量 tendency，并维护 du_nonoro_gwd/dv_nonoro_gwd 重启记忆项。 |
nonoro_gwd_ran_mod.md, nonoro_gwd_mix_mod.md, phymars/index.md |
| calltherm_interface_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\calltherm_interface_mod.F90 |
Martian thermal plume model 的 physiq 接口层；准备热羽流输入状态、按 nsplit_thermals 子步长调用 thermcell_main_mars，再用 thermcell_dqup 输送风、非 CO2 tracer 和可选 TKE，并更新 hfmax/wstar。 |
calltherm_interface_mod.md, pbl_parameters_mod.md, config-system.md |
| thermcell_main_mars.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\thermcell_main_mars.F90 |
Martian thermal plume 主求解器；在接口层子步长内计算源层、羽流高度、卷入/退卷、质量通量、温度/CO2 演化、覆盖率和热通量诊断。 | thermcell_main_mars.md, calltherm_interface_mod.md, thermcell_dqup.md, comtherm_h.md, planetwide_mod.md |
| thermcell_dqup.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\thermcell_dqup.F90 |
热羽流质量通量已知后的被动变量输送算子；对子步长内的环境 q 和上升流 qa 做夹卷/退卷/界面通量收支，返回 dq/dt。 |
thermcell_dqup.md, calltherm_interface_mod.md, comtherm_h.md |
| comtherm_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\comtherm_h.F90 |
Martian thermal plume model 的编译期参数模块；定义热羽流子步长、tracer/TKE 输送开关、verbose 开关和卷入/脱离/下沉气流/速度方程调参常数。 | comtherm_h.md, calltherm_interface_mod.md, pbl_parameters_mod.md |
| check_fields.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\check_fields.F90 |
physiq 步首/步尾可选场检查模块；检查温度、风、表面压力和 tracer 的 NaN/越界值，失败时打印诊断并调用 abort_physic。 |
check_fields.md, config-system.md, tracer_mod.md |
| co2cloud_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\co2cloud_mod.F90 |
CO2 云主调度模块；微时间循环、improvedco2clouds 调用、沉降、非负保护、CLFvaryingCO2 次网格。 | co2cloud_mod.md, newsedim_mod.md, co2-cycle.md |
| conc_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\conc_mod.F90 |
大气混合物热力学属性缓存模块；分配并更新 mmean/Akknew/cpnew/rnew，供 CO2 云、CO2 饱和、NLTE、热层和诊断路径读取。 |
conc_mod.md, co2-saturation-helpers.md, co2cloud_mod.md, improvedco2clouds_mod.md |
| nucleaco2.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\nucleaco2.F90 |
CO2 冰异质成核率（Pruppacher & Klett 1978 / Keese 1989）+ fshapeco2 接触因子；由 improvedco2clouds 对尘/流星/水冰三类 CCN 各调用一次。 |
nucleaco2.md, co2-cycle.md |
| massflowrateco2.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\massflowrateco2.F90 |
单个 CO2 冰粒质量传输率（Listowski et al. 2014/2017）；6 例程物性计算链（混合热导率、扩散系数、N2 黏度），由 improvedco2clouds 调用。 |
massflowrateco2.md, co2-cycle.md |
| microphys_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\microphys_h.F90 |
水冰/CO2 云微物理共享常数和线程私有状态模块；定义分子常数、成核常数、mteta、rad_cld、rad_cldco2 等，被水云、CO2 云、成核和增长阻力路径读取。 |
microphys_h.md, improvedclouds_mod.md, co2cloud_mod.md, co2-cycle.md, water-cycle.md |
| co2snow.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\co2snow.F |
CO2 雪沉降对地表红外发射率的修正（Forget & Pollack 1996）；由 co2condens 按坡面循环调用。 |
co2snow.md, co2condens.md, co2-cycle.md |
| comcstfi_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\comcstfi_h.F90 |
phymars 共享物理常数模块；保存 rad/g/r/cpp/rcp/mugaz/omeg/pi，由初始化路径赋值后供辐射、沉降、边界层、云和诊断读取。 |
comcstfi_h.md, testphys1d-config.md, config-system.md |
| comgeomfi_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\comgeomfi_h.F90 |
phymars 共享几何三角函数缓存模块；保存 sinlat/coslat/sinlon/coslon，由初始化路径从物理网格经纬度填充后供太阳几何、近红外 CO2 吸收、尘埃顶高和 1D Coriolis 参数读取。 |
comgeomfi_h.md, nirco2abs.md, testphys1d-config.md |
| comm_wrf.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\comm_wrf.F90 |
MESOSCALE/WRF 风格输出缓存模块；声明并分配 HR_SW/HR_LW/SWDOWNZ/TAU_DUST/RDUST/QSURFDUST/MTOT/ICETOT/VMR_ICE/TAU_ICE/RICE 等诊断数组，由 physiq_mod.F 的 #ifdef MESOSCALE 分支写入。 |
comm_wrf.md, radiation.md, dust-cycle.md, water-cycle.md |
| comsaison_h.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\comsaison_h.F90 |
phymars 季节和太阳几何共享状态模块；保存 dist_sol/declin/zls/mu0/fract/local_time，由 phys_state_var_init 分配数组并由 physiq 每个物理步写入。 |
comsaison_h.md, radiation.md, dust-cycle.md, topmons_mod.md, rocketduststorm_mod.md |
| vlz_fi.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\vlz_fi.F |
newsedim 和 HDO 分支使用的 Van Leer 垂直输运数值格式。 |
vlz_fi.md, newsedim_mod.md |
| iniwritesoil.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\iniwritesoil.F90 |
土壤诊断 NetCDF 初始化；创建经纬度/深度/时间维度并写入 area 和 th_inertia 固定字段，由 writediagsoil 首次调用时触发。 |
iniwritesoil.md, comsoil_h.md |
| initracer.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\initracer.F90 |
tracer 初始化模块；按 noms(:) 识别尘埃、水、HDO、CO2 云、化学、离子和热层 tracer，写入 igcm_* 索引、mmol/radius/rho_q/alpha_* 物性，并检查物理开关依赖。 |
initracer.md, initracer-co2-tracers.md, tracer_mod.md, co2-cycle.md, water-cycle.md, dust-cycle.md |
| interp_line.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\interp_line.F |
通用线性插值工具例程；在有序源数据点之间进行线性插值，超出范围时使用最近边界值，由 soil_settings 和 lect_start_archive 调用。 |
interp_line.md, soil_settings.md |
| iostart.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\iostart.F90 |
物理重启文件 NetCDF I/O 核心模块；提供 startfi.nc 读取和 restartfi.nc 写入的统一接口，支持并行环境下的数据分发和重排。 |
iostart.md, config-system.md |
| phyetat0_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\phyetat0_mod.F90 |
物理初始状态读取模块；从 startfi.nc 或 no-startfi 缺省路径初始化地表、土壤、坡面、tracer、古气候、尘埃、云分数、非地形重力波和质量修正记忆状态。 |
phyetat0_mod.md, iostart.md, soil_settings.md, paleoclimate_mod.md |
| phyredem.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\phyredem.F90 |
物理 start/restart 写出模块；physdem0 写控制表、网格和静态地表字段，physdem1 写 time-dependent 物理状态、tracer、尘埃、GW、古气候和质量修正字段。 |
phyredem.md, phyetat0_mod.md, iostart.md, paleoclimate_mod.md |
| phys_state_var_init_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\phys_state_var_init_mod.F90 |
物理状态变量生命周期编排模块；先从 startfi.nc 或默认路径确定 nslope，再初始化常数、时间和多个 phymars 共享数组。 |
phys_state_var_init_mod.md, phyetat0_mod.md, phyredem.md, comgeomfi_h.md |
| parse_tracer_file.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\parse_tracer_file.F90 |
新格式 tracer.def 解析接口模块；封装 readtracfiles_mod，提供 tracer 数量/名称/父子关系查询，由 tracer_mod 初始化调用。 |
parse_tracer_file.md, config-system.md |
| parse_traceur_file.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\parse_traceur_file.F90 |
旧格式 traceur.def 解析接口模块；master 进程直接读取 tracer 数量、名称和父子关系，再广播给所有进程，由 tracer_mod 初始化调用且优先于新格式 tracer.def。 |
parse_traceur_file.md, tracer_mod.md, config-system.md |
| pbl_parameters_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\pbl_parameters_mod.F90 |
PBL 诊断参数计算；Monin-Obukhov 理论内插位温/风速、摩擦速度/温度、迭代求 z0t、ATKE/Colaïtis 双稳定度函数路径；纯诊断不影响物理倾向。 | pbl_parameters_mod.md, water-cycle.md |
| paleoclimate_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\paleoclimate_mod.F90 |
古气候和 lag-layer 共享状态模块；保存古气候配置开关、地下 H2O/CO2 冰深度、地下水扩散系数和地下冰交互通量缓存，并提供按 (ngrid,nslope) 分配/释放入口。 |
paleoclimate_mod.md, pbl_parameters_mod.md, vdif_cd_mod.md, vdifc-water-surface-exchange.md |
| slope_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\slope_mod.F90 |
坡面几何计算与坡面太阳辐照度参数化；getslopes 从地形势场算倾角/方位（仅串行），param_slope 用 Spiga & Forget (2008) 方法修正直接/散射/反射辐射。 |
slope_mod.md, comslope_mod.md, radiation.md |
| soil.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\soil.F |
土壤热扩散隐式求解器；Thomas 算法三对角矩阵求解各层温度，输出地表热容量和扩散热通量；支持 watercaptag 永久冰分支和 tifeedback 热惯量反馈。 |
soil.md, comsoil_h.md, water-cycle.md |
| soil_settings.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\soil_settings.F |
土壤初始化设置；从 startfi.nc 读取层深度/热惯量/温度/地热通量，层数不匹配时垂直插值；支持旧格式兼容和吸附 tracer 加载。 |
soil_settings.md, comsoil_h.md |
| writediagsoil.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\writediagsoil.F90 |
传统土壤诊断 diagsoil.nc 逐时步写入后端；由 diagsoil 开关控制，首次调用时创建文件并调用 iniwritesoil，后续按采样间隔追加 3D/2D/0D 变量。 |
writediagsoil.md, iniwritesoil.md, water-cycle.md |
| tracer_mass_fixer_dyn_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\tracer_mass_fixer_dyn_mod.F90 |
动力学 tracer 质量修正；比较物理时步前后 8 个主要大气成分（CO/O₂/H₂/HO₂/H₂O₂/N₂/Ar/He）的全球总质量，均匀缩放混合比以修正动力传输的质量非守恒。 | tracer_mass_fixer_dyn_mod.md, config-system.md |
| tracer_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\tracer_mod.F90 |
tracer 共享定义核心模块；声明所有 tracer 索引（尘埃/水/CO2/化学/离子）、物性数组（mmol/radius/rho_q）和配置解析入口（ini_tracer_mod），被 30+ 物理模块使用。 | tracer_mod.md, config-system.md |
| lmdz_atke_exchange_coeff.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lmdz_atke_exchange_coeff.F90 |
ATKE 1.5 阶湍流闭合方案核心模块；计算湍流 Km/Kh 交换系数和 TKE 演化，支持多种数值格式和混合长度参数化。 | lmdz_atke_exchange_coeff.md, vdifc-water-surface-exchange.md |
| lmdz_atke_turbulence_ini.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lmdz_atke_turbulence_ini.F90 |
ATKE 湍流初始化与参数共享模块；从 .def 读取 iflag_atke、iflag_atke_lmix、atke_* 调参键，缓存行星常数和分子黏性系数，并派生稳定度函数、混合长度和 TKE 扩散常数。 |
lmdz_atke_turbulence_ini.md, lmdz_atke_exchange_coeff.md, vdif_cd_mod.md, pbl_parameters_mod.md |
| lmdz_call_atke.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\lmdz_call_atke.F90 |
ATKE 调用接口模块；协调核心计算和可选的显式风切变预测，支持前向-后向时间步进。 | lmdz_call_atke.md, lmdz_atke_exchange_coeff.md |
| vdif_cd_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\vdif_cd_mod.F90 |
地表层交换系数计算模块；Monin-Obukhov 理论计算 Cd/Ch，callrichsl 选择简单对数公式或 Colaïtis 迭代，迭代内由 callatke 选择 ATKE 或 Dyer/England 稳定性函数，并支持水汽浮力修正。 |
vdif_cd_mod.md, vdifc-water-surface-exchange.md |
| vdif_kc.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\libf\phymars\vdif_kc.F |
垂直湍流扩散 K 系数方案；在 vdifc 的非 Yamada4/非 ATKE 路径中更新 q2、动量扩散 km 与标量扩散 kn，包含 CO2 tracer 平均分子量稳定度修正。 |
vdif_kc.md, vdif_cd_mod.md, vdifc-water-surface-exchange.md |
| run.def.* | 配置文件组 | LMDZ.MARS\deftank\run.def.* |
不同网格/运行模式的运行参数样例（3D）。 | config-system.md |
| run.def.1d | 配置文件 | LMDZ.MARS\deftank\run.def.1d |
1D testphys1d 列模式专用运行参数（含 INCLUDEDEF=callphys.def）。 |
testphys1d-config.md |
| callphys.def.* | 配置文件组 | LMDZ.MARS\deftank\callphys.def.* |
物理过程开关配置样例；水循环开关、地表冰参数和微物理依赖有专页；CO2 凝结/云微物理开关有专页。 | config-system.md, water-cycle-config.md, water-cycle.md, co2-cycle-config.md, co2-cycle.md, radiation.md, dust-cycle.md |
| traceur.def.* | 配置文件组 | LMDZ.MARS\deftank\traceur.def.* |
tracer 配置样例；水循环 tracer 集合和复现风险有专页；CO2 tracer 集合有专页。 | config-system.md, water-cycle-config.md, water-cycle.md, co2-cycle-config.md, co2-cycle.md |
| z2sig.def.* | 配置文件组 | LMDZ.MARS\deftank\z2sig.def.* |
垂直坐标定义样例（MCD5/MCD6/hr 三个变体）。 | z2sig-config.md |
| deftank/xios | 配置目录 | LMDZ.MARS\deftank\xios |
XIOS 输出 XML 配置目录（4 个 XML：iodef/context/field_def/file_def）；水循环输出字段有专页；CO2 输出字段有专页。 | xios-config.md, water-cycle-config.md, water-cycle.md, co2-cycle-config.md, co2-cycle.md |
| chemthermos_reactionrates.def | 配置文件 | LMDZ.MARS\deftank\chemthermos_reactionrates.def |
热层化学反应速率常数配置（61 个 Arrhenius 参数，驱动 chemthermos 化学网络）。 | reaction-rates.md |
| run0 | shell 脚本 | LMDZ.MARS\deftank\run0 |
原子级单段运行链——执行一次 GCM 并把 restart 推进到下一段（崩溃自愈、num_run 状态、nummax 链长）。 |
run-scripts.md |
| run_mcd | shell 脚本 | LMDZ.MARS\deftank\run_mcd |
MCD 生产模式的 12 个火星月串行编排——按不等月长（61/66/66/…/56 sol）用 sed 替换 run.def.ref 后调 run0。 |
run-scripts.md |
| run_monthN（HPC 子目录） | shell 脚本组 | deftank\{ciclad,occigen,irene,adastra,mesu,spirit}\run_month1 |
各 HPC 集群的 PBS/SLURM 包装：sed 替换月长 → 调 run0 → cp+sed 自我复制生成下月脚本并 qsub/sbatch 提交。 |
run-scripts.md |
| util 核心工具组 | 工具文件组 | util\concatnc.F90（见专页）, zrecast.F90（见专页）, extract.F90（见专页）, hrecast.F90（见专页）, localtime.F90（见专页）, lslin.F90（见专页）, solzenangle.F90（见专页） |
常规输出拼接、垂直/水平/时间处理和抽取工具；concatnc.F90、zrecast.F90、extract.F90、hrecast.F90、localtime.F90、lslin.F90 和 solzenangle.F90 已有专页。 |
util/index.md, concatnc.md, zrecast.md, extract.md, hrecast.md, localtime.md, lslin.md, solzenangle.md |
| util 气溶胶和柱量工具组 | 工具文件组 | util\aeroptical.F90（见专页）, aeropt_mod.F90（见专页）, gencol.F90（见专页）, check_co2cycle.F90（见专页） |
气溶胶光学、柱量和 CO2 cycle 检查相关工具；aeroptical.F90、aeropt_mod.F90、gencol.F90 和 check_co2cycle.F90 已有专页。 |
util/index.md, aeroptical.md, aeropt_mod.md, gencol.md, check_co2cycle.md |
| util 初始场/观测比较工具组 | 工具文件组 | util\extractcolumnfor1D.F90（见专页）, expandstartfi.F90（见专页）, streamfunction.F90（见专页）, simu_MCS.F90（见专页）, xvik\fit_Iceinertia_MONSicedepth.F（见专页）, startarchive2icosa\ |
1D 输入、初始场转换、环流诊断和观测比较相关工具；extractcolumnfor1D.F90、expandstartfi.F90、streamfunction.F90、simu_MCS.F90 和 fit_Iceinertia_MONSicedepth.F 已有专页，其余当前由 util 目录页覆盖。 |
util/index.md, extractcolumnfor1D.md, expandstartfi.md, streamfunction.md, simu_MCS.md, fit_Iceinertia_MONSicedepth.md |
| zrecast.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\zrecast.F90 |
垂直坐标重投影工具；把 GCM sigma/hybrid 输出转换到压力、areoid 高度、本地地表高度或距行星中心半径坐标，按静力方程构建高度关系并输出 pressure 或 zareoid 辅助场。 |
zrecast.md |
| concatnc.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\concatnc.F90 |
NetCDF 时间拼接工具；读取多段 diagfi/concat/stats 类文件，把用户选择的 1D/3D/4D 时间相关变量沿 Time 追加到固定输出 concat.nc，并支持 sol、ls、adls 时间轴。 |
concatnc.md |
| extract.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\extract.F90 |
ASCII 点值/廓线抽取工具；读取 zrecast 后的四维 NetCDF 变量，按经纬度、垂直坐标、Ls 和当地时折算到 sol 后做 time-alt-lat-lon 插值。 | extract.md |
| hrecast.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\hrecast.F90 |
水平重网格工具；读取 GCM lon-lat NetCDF 输出，按用户给定的新经纬度网格用格盒面积交叠权重重分配 phisinit、3D 和 4D 变量，输出 *_h.nc。 |
hrecast.md |
| aeropt_mod.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\aeropt_mod.F90 |
气溶胶光学性质表模块；读取 ASCII 光学表，缓存 wvl/radiusdyn/Qext/omeg，并按波长和有效半径插值得到消光效率与单次散射反照率。 |
aeropt_mod.md |
| aeroptical.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\aeroptical.F90 |
气溶胶不透明度计算工具；读取 aerosol MMR、有效半径、rho 和外部光学表，计算 opa_* 以及可选柱积分 tau_*。 |
aeroptical.md, aeropt_mod.md |
| gencol.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\gencol.F90 |
柱含量重算工具；读取 4D tracer，根据 MMR、VMR 或数浓度单位分支沿 hybrid 层积分柱质量，输出 *_col.nc。 |
gencol.md |
| check_co2cycle.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\check_co2cycle.F90 |
CO2 cycle 检查工具；读取 GCM 地表压力和 CO2 冰，把压力插值到 Viking/InSight 站点，输出全球 CO2 库存、日平均和谐波重建。 | check_co2cycle.md, co2-cycle.md |
| expandstartfi.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\expandstartfi.F90 |
物理初始场展开工具；把 startfi.nc 中以 physical_points 为第一维的字段还原成 longitude x latitude 网格，输出 *_ex.nc 供可视化检查。 |
expandstartfi.md, iostart.md |
| extractcolumnfor1D.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\extractcolumnfor1D.F90 |
一维列抽取工具；按经纬和时间索引从 GCM NetCDF 输出读取变量垂直列，写出 profile_* ASCII 文件。 |
extractcolumnfor1D.md |
| localtime.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\localtime.F90 |
本地时重排工具；读取 3D/4D NetCDF 变量，按经度把 sol 时间轴换算成本地时并线性插值到用户指定本地小时，输出 *_LT.nc。 |
localtime.md |
| lslin.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\lslin.F90 |
Ls 线性化工具；把 GCM 输出的 sol 时间轴转换为等间隔太阳经度 Ls，可对 3D/4D 变量做线性插值或 Ls 窗口平均，输出 _Ls.nc 和 _Ls.ctl。 |
lslin.md, concatnc.md |
| solzenangle.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\solzenangle.F90 |
太阳天顶角插值工具；按晨侧或昏侧反解指定 SZA 对应的本地真太阳时，把 3D/4D 变量沿时间插值后输出 _MO.nc 或 _EV.nc，并写出 LTsolzenangle。 |
solzenangle.md, localtime.md, lslin.md |
| streamfunction.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\streamfunction.F90 |
流函数和总角动量诊断工具；读取 u/v/temp/ps/aps/bps/aire/cv/phisinit/rho，做全时段平均、经向质量流函数、角动量和纬向平均诊断，输出单经度单时间的 _stream.nc。 |
streamfunction.md, concatnc.md |
| fit_Iceinertia_MONSicedepth.F | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\xvik\fit_Iceinertia_MONSicedepth.F |
xvik 拟合辅助程序；读取四组 xpsol1N/xprestotN 和 VL1，用运行平均与线性敏感度导数暴力扫描冰热惯量、冰深系数和总 CO2 压力，输出 minimization.txt、pvlfit 和 xprestotfit。 |
fit_Iceinertia_MONSicedepth.md, xvik.md |
| simu_MCS.F90 | 源码文件专页 | LMDZ.MARS\util\simu_MCS.F90 |
MRO/MCS 观测模拟器；把 GCM 输出按 MCS 的 Ls/经纬高/当地时分箱重采样（四维线性插值），昼/夜两遍并算 CDOD 比，输出同 MCS 格式 netcdf 供逐 bin 对比。 | simu_MCS.md |
维护规则
- 新增模块页后必须更新此索引。
- 新增主题页后必须更新相关页面链接。
- 不确定的关系必须标注“待确认”。
- 普通页面任务只更新直接相关条目；如果会扩大范围，应新增或更新 P6 索引维护任务。
symbol-index.md已建立；新增文件页、主题页、配置页后应同步维护符号级入口、例程、module、配置开关、tracer 和诊断字段索引。